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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nff | ||||||
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タイトル | Crystal structure of extended Dimerization module of RNA polymerase I subcomplex A49/A34.5 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / triple barrel / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Dimerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida glabrata (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å | ||||||
データ登録者 | Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J.R. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010 タイトル: RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex. 著者: Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J. / Cramer, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nff.cif.gz | 342.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nff.ent.gz | 284.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nff | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13968.775 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-119, N-terminal domain / 変異: V72M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J07766g, rpa49 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FNZ9, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 13539.327 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-143 / 変異: L55M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0I06006g, rpa34 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FQI3, ポリメラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 50 mM Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 70 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: Vertically bended multilayer mirrors |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.24→80 Å / Num. all: 25324 / Num. obs: 25171 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 81.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rsym value: 0.207 / Net I/σ(I): 5.58 |
反射 シェル | 解像度: 3.24→3.38 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.792 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Crystal structure of Dimerization module of RNA polymerase I subcomplex A49/A34.5 (SG P 21) 解像度: 3.24→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7248 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 114.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.93 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.24→29.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.24→3.38 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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