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- PDB-3ms9: ABL kinase in complex with imatinib and a fragment (FRAG1) in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ms9
タイトルABL kinase in complex with imatinib and a fragment (FRAG1) in the myristate pocket
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR / kinase (キナーゼ) / fragment-based screening / FBS / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / circulatory system development / podocyte apoptotic process ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / circulatory system development / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / response to epinephrine / regulation of cellular senescence / regulation of modification of synaptic structure / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of extracellular matrix organization / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / Myogenesis / bubble DNA binding / activated T cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / syntaxin binding / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / regulation of microtubule polymerization / B cell proliferation / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of cellular senescence / Bergmann glial cell differentiation / 学習 / neuromuscular process controlling balance / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / canonical NF-kappaB signal transduction / BMP signaling pathway / 食作用 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / four-way junction DNA binding / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of stress fiber assembly / spleen development / ERK1 and ERK2 cascade / ruffle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of establishment of T cell polarity / actin filament polymerization / positive regulation of interleukin-2 production / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / SH2 domain binding / ephrin receptor binding / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / post-embryonic development / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell migration / protein kinase C binding / thymus development / neural tube closure / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell / regulation of actin cytoskeleton organization / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / neuron differentiation / cellular response to hydrogen peroxide / オートファジー
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl 2-amino-4-chlorobenzoate / Chem-STI / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Rummel, G. / Fendrich, G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Binding or bending: distinction of allosteric Abl kinase agonists from antagonists by an NMR-based conformational assay.
著者: Jahnke, W. / Grotzfeld, R.M. / Pelle, X. / Strauss, A. / Fendrich, G. / Cowan-Jacob, S.W. / Cotesta, S. / Fabbro, D. / Furet, P. / Mestan, J. / Marzinzik, A.L.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,05812
ポリマ－67,4872
非ポリマー1,57110
水7,981443
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5657
ポリマ－33,7441
非ポリマー8216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4945
ポリマ－33,7441
非ポリマー7504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.783, 147.346, 152.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-148-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 33743.523 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, residues 229-515 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abl1, Abl
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00520, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MS9 / methyl 2-amino-4-chlorobenzoate / 2-アミノ-4-クロロ安息香酸メチル


分子量: 185.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8ClNO2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: protein concentration: 20mg/ml. Crystallisation buffer: 0.1M MES pH 6.5, 0.2M MgCl2, 18.4% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.92 Å / Num. all: 58848 / Num. obs: 58848 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 6016 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→33.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23391 2942 5 %RANDOM
Rwork0.18552 ---
obs0.18794 55882 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4359 0 104 443 4906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9786285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5945545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91224.206214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35715787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4981522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4361.52708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4124373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43531927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3634.51909
LS精密化 シェル解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 178 -
Rwork0.349 3376 -
obs--81.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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