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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mo2 | ||||||
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タイトル | human G9a-like (GLP, also known as EHMT1) in complex with inhibitor E67 | ||||||
要素 | Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5ヒストンメチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Epigenetics (エピジェネティクス) / Histone lysine methylation / enzymatic inhibition / lysine mimics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K27 methyltransferase activity / peptidyl-lysine monomethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / facultative heterochromatin formation / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / : ...[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K27 methyltransferase activity / peptidyl-lysine monomethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / facultative heterochromatin formation / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / : / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of embryonic development / Transcriptional Regulation by VENTX / response to fungicide / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / transcription corepressor binding / methyltransferase activity / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y. / Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Adding a lysine mimic in the design of potent inhibitors of histone lysine methyltransferases. 著者: Chang, Y. / Ganesh, T. / Horton, J.R. / Spannhoff, A. / Liu, J. / Sun, A. / Zhang, X. / Bedford, M.T. / Shinkai, Y. / Snyder, J.P. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mo2.cif.gz | 232.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mo2.ent.gz | 182.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mo2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | 4 complexes per asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32830.219 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal SET domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H9B1, ヒストンメチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-E67 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 14% polyethylene glycol 4000, 9% isopropanol, and 12% dimethyl sulfoxide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→31.83 Å / Num. obs: 43245 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FPD 解像度: 2.49→31.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 451338.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.8381 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→31.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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