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- PDB-3mj9: Crystal structure of JAML in complex with the stimulatory antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj9
タイトルCrystal structure of JAML in complex with the stimulatory antibody HL4E10
要素
  • Junctional adhesion molecule-like
  • STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN
  • STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN TANDEM DOMAIN / RECEPTOR-ANTIBODY COMPLEX / CELL ADHESION (細胞接着) / CELL JUNCTION (細胞結合) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / MEMBRANE (生体膜) / COSTIMULATION (共刺激) / HAMSTER IgG / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


monocyte extravasation / Cell surface interactions at the vascular wall / gamma-delta T cell activation / neutrophil extravasation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / 好中球 ...monocyte extravasation / Cell surface interactions at the vascular wall / gamma-delta T cell activation / neutrophil extravasation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / 好中球 / integrin binding / protein homodimerization activity / 核質 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Junctional adhesion molecule-like
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
CRICETULUS MIGRATORIUS (タビキヌゲネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Molecular insights into gamma delta T cell costimulation by an anti-JAML antibody.
著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Ferguson, M.S. / Corper, A.L. / Schiefner, A. / Havran, W.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junctional adhesion molecule-like
L: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
H: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5856
ポリマ－77,0853
非ポリマー1,4993
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.020, 125.020, 107.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Junctional adhesion molecule-like / / Dendritic cell-specific protein CREA7 / mCrea7


分子量: 30647.387 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 21-280) / 変異: K124R, R211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Amica1, Gm638, Jaml / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS A
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q80UL9
#2: 抗体 STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22784.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC
由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (タビキヌゲネズミ)
株: HYBRIDOMA
#3: 抗体 STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23653.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC
由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (タビキヌゲネズミ)
株: HYBRIDOMA
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.2-1.4 M NA-MALONATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月22日
詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR. ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 18365 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.617 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 42.292 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 927 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.225 17200 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.244 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å20 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4995 0 99 0 5094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.9687109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3033.0038421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1385644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30824.408211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48215844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6681524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.150.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.60633219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.07131310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21755231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98271998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.516111878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 72 -
Rwork0.295 1246 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5050.59420.98682.4241.179210.2021-0.05290.04180.14730.0031-0.00790.1462-0.1466-0.23870.0608-0.36650.0280.107-0.17010.1443-0.1724-12.5149-56.1071-16.8211
22.65070.5765-0.09013.31781.68329.87660.0128-0.1190.60090.59170.21060.2432-0.6346-0.5688-0.2234-0.04360.12460.307-0.28580.1071-0.0688-5.6331-33.74130.5488
39.8096-0.6537-0.54055.71291.64984.15530.31460.0910.22450.955-0.1948-0.4588-0.23090.2154-0.1198-0.1259-0.05570.0436-0.44290.1665-0.297917.223-32.6237-15.4424
44.1748-1.10670.98963.19220.27810.7383-0.28150.33480.05570.07470.2846-0.77960.04470.401-0.0031-0.0998-0.2063-0.04560.0049-0.23180.246337.3773-44.5855-46.8504
55.21080.4218-2.22132.7162-2.14999.933-0.18440.90780.36160.0830.40350.4913-0.2921-0.4859-0.2191-0.38270.09680.0882-0.07040.1896-0.13193.8831-28.0776-32.563
64.1028-1.89010.561210.0859-0.27814.08640.06920.1445-0.548-0.16190.2135-0.21910.3971-0.2934-0.2827-0.126-0.2723-0.07080.3302-0.0431-0.207421.3906-47.0282-48.0561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 506
3X-RAY DIFFRACTION2A122 - 236
4X-RAY DIFFRACTION3L2 - 108
5X-RAY DIFFRACTION4L109 - 212
6X-RAY DIFFRACTION5H1 - 113
7X-RAY DIFFRACTION6H114 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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