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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m6j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of unknown function protein from Leptospirillum rubarum | ||||||
要素 | uncharacterized protein | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Ferritin - #40 / フェリチン / Up-down Bundle / Mainly Alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptospirillum rubarum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of unknown function protein from Leptospirillum rubarum 著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m6j.cif.gz | 123.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m6j.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16638.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptospirillum rubarum (バクテリア) 遺伝子: UBAL2_80490123 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97904 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 43406 / Num. obs: 43384 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 42.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 6.68 / Num. unique all: 2149 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.731 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.143 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.625 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.896→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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