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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lyt | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF RADIATION-INDUCED DECAY AND STRUCTURE REFINEMENT FROM X-RAY DATA COLLECTED FROM LYSOZYME CRYSTALS AT LOW AND AMBIENT TEMPERATURES | ||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dewan, J.C. / Young, A.C.M. / Tilton, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1993 タイトル: Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures 著者: Young, A.C.M. / Dewan, J.C. / Nave, C. / Tilton, R.F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.C / 年: 1983 タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg White Lysozyme. II. The Refinement at 2.5 Angstroms Resolution-Conformational Variability between the Two Independent Molecules 著者: Rao, S.T. / Hogle, J. / Sundaralingam, M. #2: ジャーナル: Thesis / 年: 1978 タイトル: The Structure of the Monoclinic Crystal Form of Hen Egg White Lysozyme at 2.5 Angstroms Resolution. Comparison of a Protein Structure in Several Crystalline Environments 著者: Hogle, J. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1981 タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg White Lysozyme. I. Structure Solution at 4 Angstroms Resolution and Molecular-Packing Comparisons with Tetragonal and Triclinic Lysozymes 著者: Hogle, J. / Rao, S.T. / Mallikarjunan, M. / Beddell, C. / Mcmullan, R.K. / Sundaralingam, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lyt.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lyt.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lyt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 4.6 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 12016 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.203 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.203 / 最高解像度: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. reflection obs: 12016 / Rfactor obs: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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