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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l2x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX 著者: Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Kalai, T. / Hideg, K. / Hubbell, W.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l2x.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l2x.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c6tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18576.350 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, T115C, R119C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E, Lysozyme / プラスミド: pHSe5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム |
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-非ポリマー , 6種, 164分子
#2: 化合物 | ChemComp-RXR / [ | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-AZI / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HED / | #6: 化合物 | ChemComp-BME / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | EXTENSIVE EPR EXPERIMENTS OF THE DISULFIDE LINKED RXR LIGAND ATTACHED TO T4 LYSOZYME AT DIFFERENT ...EXTENSIVE EPR EXPERIMENT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 2.0M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phosphate, 0.25M sodium chloride, 0.04% sodium azide, saturated with bis(2-hydroxyethyl) disulfide, pH 6.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS (BLUE OPTICS) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 18829 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 12.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1C6T 解像度: 1.8→35.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE RXR LIGAND IS DISUFLDE BONDED TO CYS 115 AND CYS 119, AND WAS MODELED IN AT AN OCCUPANCY OF 0.7
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.001 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.33 Å2 / Biso mean: 21.209 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.419 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.2491 Å / Origin y: -11.2388 Å / Origin z: 9.4138 Å
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精密化 TLSグループ |
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