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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l0k | |||||||||
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タイトル | Human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-acetyl-UMP | |||||||||
要素 | Uridine 5'-monophosphate synthase | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Decarboxylase (脱炭酸酵素) / Multifunctional enzyme / Pyrimidine biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 授乳 / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2009 タイトル: Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase 著者: Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l0k.cif.gz | 238.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l0k.ent.gz | 192.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28299.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 224-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.8M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.34→42.52 Å / Num. obs: 119377 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3443 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0041 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.34→42.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.131 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.009 / ESU R Free: 0.008 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.031 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→42.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.329→1.363 Å / Total num. of bins used: 20
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