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- PDB-3kz4: Crystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kz4
タイトルCrystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle
要素
  • Inner capsid protein VP2
  • Intermediate capsid protein VP6
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral virus / capsid (カプシド) / Core protein (カプシド) / RNA-binding / dsRNA virus / Metal-binding / Virion (ウイルス) / Zinc (亜鉛) / Rotavirus (ロタウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls ...Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine Rotavirus (ウイルス)
Bovine rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacement from EM model / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Mcclain, B. / Settembre, E.C. / Bellamy, A.R. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: X-ray crystal structure of the rotavirus inner capsid particle at 3.8 A resolution.
著者: McClain, B. / Settembre, E. / Temple, B.R. / Bellamy, A.R. / Harrison, S.C.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)789,51220
ポリマ-789,18415
非ポリマー3275
0
1
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,370,6901200
ポリマ-47,351,068900
非ポリマー19,623300
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.95 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,947,558100
ポリマ-3,945,92275
非ポリマー1,63525
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.74 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,737,069120
ポリマ-4,735,10790
非ポリマー1,96230
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
6
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 47.4 MDa, 900 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,370,6901200
ポリマ-47,351,068900
非ポリマー19,623300
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)740.750, 1198.070, 1345.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.49847398, -0.7834082, 0.37120788), (0.83204272, 0.31213817, -0.45855717), (0.24336929, 0.53743963, 0.80742184)69.78713, -140.57822, -31.9022
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4generate(-0.31301219, 0.5628652, 0.76498767), (-0.43553837, -0.80084564, 0.41103842), (0.84399627, -0.20452145, 0.49582384)215.31963, 46.6237, -136.44362
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15generate(0.54382093, -0.80330539, -0.24281526), (-0.76444772, -0.35481443, -0.53826239), (0.34623472, 0.47833793, -0.80704048)172.79405, 314.27246, 243.4449
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17generate(0.33929313, -0.51880763, -0.78467752), (-0.51880762, -0.7990273, 0.30396384), (-0.78467753, 0.30396385, -0.54026583)330.10478, 89.60365, 504.18165
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19generate(-0.99849028, -0.05482295, 0.0034076), (-0.05482297, 0.99079898, -0.12374096), (0.0034076, -0.12374096, -0.9923087)548.12033, 38.32974, 373.823
20generate(-0.54250716, 0.76694451, -0.34275663), (0.76694451, 0.28571164, -0.57459984), (-0.34275663, -0.57459984, -0.74320449)486.03676, -100.83335, 423.11292
21generate(-0.49991079, -0.83007131, -0.24712511), (0.82317458, -0.3667002, -0.43349115), (0.26920775, -0.42013402, 0.86661099)460.19549, -141.22838, -47.82576
22generate(-0.99998997, -0.00027756, -0.00446989), (-0.00027756, -0.99231817, 0.12371167), (-0.00446989, 0.12371167, 0.99230814)549.88193, -18.402, 2.37637
23generate(-0.49978775, 0.78091141, -0.37468597), (-0.79568184, -0.24303538, 0.55481908), (0.3422026, 0.57542261, 0.74282313)480.27712, 117.13027, -46.98355
24generate(0.3094334, 0.43391899, -0.84614731), (-0.46381659, 0.84566482, 0.26405529), (0.83013562, 0.31074963, 0.46293577)347.57254, 78.06745, -127.69179
25generate(0.30935736, -0.56172309, -0.76731036), (0.5366917, 0.76923576, -0.34675403), (0.78502232, -0.3045382, 0.53944087)335.16141, -81.60697, -128.2123
26generate(0.02976424, -0.06342845, -0.99754244), (-0.99895899, 0.03262706, -0.03188109), (0.03456904, 0.99745291, -0.0623913)453.99487, 282.5463, 187.80046
27generate(-0.28070968, -0.57923483, -0.76530326), (-0.47856683, 0.77564265, -0.41152432), (0.83197108, 0.25072989, -0.49493298)496.81249, 209.26224, 51.98321
28generate(-0.8081259, -0.37219534, -0.45651194), (0.30666233, 0.39585138, -0.865598), (0.50288243, -0.83950719, -0.20575946)583.06522, 79.95451, 90.58637
29generate(-0.82361314, 0.27156848, -0.49790757), (0.27156848, -0.58188813, -0.76658774), (-0.49790757, -0.76658774, 0.40550127)593.55472, 73.32199, 250.26169
30generate(-0.30576856, 0.46239691, -0.83228281), (-0.53534988, -0.8063731, -0.25132236), (-0.78734116, 0.36871604, 0.49410767)513.78486, 198.5306, 310.34331
31generate(0.80578485, 0.37583424, 0.45766733), (-0.24186988, -0.49656405, 0.83362048), (0.54056427, -0.78241471, -0.30922081)-33.60454, -86.69755, 99.55103
32generate(0.8257551, -0.26797769, 0.49630281), (-0.33085071, 0.48250694, 0.81100238), (-0.45680009, -0.83389149, 0.30977195)-44.80583, -60.3652, 257.13074
33generate(0.30943341, -0.46381658, 0.83013562), (0.43391899, 0.84566481, 0.31074963), (-0.84614732, 0.26405529, 0.46293577)34.65992, -177.15704, 332.59655
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37generate(0.45494455, 0.84749007, 0.27347035), (0.8096951, -0.26583142, -0.52318973), (-0.3707011, 0.45944992, -0.80714711)96.19919, -120.91047, 440.32482
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43generate(0.8257551, -0.33085072, -0.45680009), (-0.26797768, 0.48250693, -0.83389149), (0.49630281, 0.81100238, 0.30977195)134.48412, 231.5388, -8.45832
44generate(0.02516439, -0.99567692, 0.0894104), (0.0649429, -0.08762159, -0.99403464), (0.99757164, 0.03082084, 0.0624572)253.19453, 171.61042, -97.71444
45generate(-0.7941422, -0.28245007, 0.53810791), (-0.28245007, -0.61246045, -0.73831846), (0.53810792, -0.73831847, 0.40660265)392.06878, 220.17218, -34.42204
46generate(0.80578486, -0.24186988, 0.54056426), (0.37583425, -0.49656405, -0.7824147), (0.45766733, 0.83362048, -0.30922081)-47.70523, 47.46904, 118.43581
47generate(0.33197345, -0.41623463, 0.84648825), (-0.41623462, -0.86992889, -0.26452308), (0.84648826, -0.26452308, -0.46204456)25.28464, 168.46427, 43.05104
48generate(0.02516438, 0.0649429, 0.99757163), (-0.99567692, -0.08762158, 0.03082084), (0.08941041, -0.99403465, 0.0624572)79.96079, 270.14837, 154.05145
49generate(0.30935735, 0.53669171, 0.78502231), (-0.56172309, 0.76923577, -0.30453819), (-0.76731037, -0.34675402, 0.53944087)40.76266, 211.99737, 298.03824
50generate(0.79180734, 0.34707098, 0.50257622), (0.28591743, 0.51649542, -0.8071454), (-0.53971507, 0.78279897, 0.30973123)-38.13928, 74.37397, 276.02656
51generate(-0.3356383, 0.4176543, -0.84434105), (0.51766551, 0.83063718, 0.2050958), (0.78700022, -0.36824825, -0.49499888)524.35836, -180.25326, 65.82424
52generate(-0.02528743, -0.0604747, -0.99784936), (0.99908243, -0.03604322, -0.02313428), (-0.03456666, -0.99751877, 0.06133065)469.15837, -267.43937, 188.30596
53generate(-0.30576855, -0.53534988, -0.78734115), (0.46239692, -0.80637311, 0.36871603), (-0.83228282, -0.25132235, 0.49410767)507.72865, -191.91135, 324.16648
54generate(-0.78946629, -0.35070988, -0.50373162), (-0.35070988, -0.41578275, 0.83912292), (-0.50373163, 0.83912293, 0.20524905)586.76638, -58.04635, 285.65118
55generate(-0.80792682, 0.23827909, -0.53895949), (-0.31655201, 0.59594524, 0.73800006), (0.49704033, 0.76685875, -0.40605242)597.04411, -50.84126, 125.98689
56generate(0.02976424, -0.99895899, 0.03456905), (-0.06342845, 0.03262706, 0.99745291), (-0.99754244, -0.03188108, -0.0623913)262.24727, -167.74458, 473.60415
57generate(-0.80792681, -0.316552, 0.49704033), (0.23827908, 0.59594524, 0.76685875), (-0.5389595, 0.73800007, -0.40605242)403.65348, -208.57867, 410.46073
58generate(-0.54515093, 0.8012577, 0.24656961), (0.80125769, 0.41148775, 0.43435462), (0.24656961, 0.43435462, -0.86633682)375.91422, -300.19125, 282.05553
59generate(0.45494455, 0.80969509, -0.37070109), (0.84749008, -0.26583142, 0.45944992), (0.27347035, -0.52318974, -0.80714712)217.36421, -315.97686, 265.84016
60generate(0.81026167, -0.30290001, -0.50172464), (0.31308465, -0.49998021, 0.8074638), (-0.49543318, -0.81133925, -0.31028146)147.11417, -234.12032, 384.22372
詳細biological unit is the same as asymmetric unit. The icosahedral asymmetry unit is reported. To generate the full double layer particle apply the following MTRIX records in the PDB file above coordinates.

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要素

#1: タンパク質 Inner capsid protein VP2


分子量: 102595.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bovine Rotavirus (ウイルス) / : UK/G6 / 細胞株 (発現宿主): Kidney Cells / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: P17462*PLUS
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44922.645 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bovine rotavirus (ウイルス) / : UK/G6 / 細胞株 (発現宿主): Kidney Cells / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A7J3A1, UniProt: P18610*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM NaCl, 375 mM Sodium Sulfate, 1.6% PEG 10,000, 0.02% Sodium Azide, 20 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.8→223 Å / Num. obs: 1823596 / % possible obs: 20.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Replacement from EM model / 解像度: 3.8→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 36830 0.3 %
Rwork0.328 --
obs-1823596 15.9 %
溶媒の処理Bsol: 16.832 Å2
原子変位パラメータBiso max: 208.66 Å2 / Biso mean: 155.027 Å2 / Biso min: 9.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.123 Å20 Å20 Å2
2--4.882 Å20 Å2
3---8.241 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54104 0 5 0 54109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.667
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_eth2.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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