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- PDB-3kk5: ヴィロファージ(ウイルス寄生性ウイルス)スプートニクの低温電子顕微鏡マップに当てはめた PBCV-1(ミドリゾウリムシクロレラウイ... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3kk5
タイトルCrystal structure of PBCV-1 VP54 fitted into a cryo-EM reconstruction of the virophage Sputnik
構成要素Major capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / double jellyroll / Capsid protein (カプシド) / Late protein / Virion (ウイルス) / Icosahedral virus
機能・相同性Major capsid protein, C-terminal / Hexon coat protein, subdomain 4 / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Major capsid protein N-terminus / カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
試料の由来Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 10.6 Å 分解能
データ登録者Sun, S. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2010
タイトル: Structural studies of the Sputnik virophage.
著者: Siyang Sun / Bernard La Scola / Valorie D Bowman / Christopher M Ryan / Julian P Whitelegge / Didier Raoult / Michael G Rossmann
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2009年11月4日 / 公開: 2009年11月17日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02009年11月17日Structure modelrepositoryInitial release
1.12011年7月13日Structure modelVersion format compliance
1.22018年1月24日Structure modelData collection / Data processing / Structure summaryaudit_author / em_image_scans / em_software_audit_author.name / _em_software.name
1.32018年7月18日Structure modelData collectionem_software_em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1662
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1662
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1662
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)626,59513
ポリマ-626,59513
非ポリマ-00
0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,595,708780
ポリマ-37,595,708780
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
point symmetry operation1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.13 MDa, 65 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,132,97665
ポリマ-3,132,97665
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation5
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.76 MDa, 78 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,759,57178
ポリマ-3,759,57178
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1

-
構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
Major capsid protein / MCP / VP54 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 48199.625 Da / 分子数: 13
由来: (天然) Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ)
参照: UniProt: P30328

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: major capsid protein of sputnik
ウイルスについての詳細ウイルスの宿主の分類: PROTOZOA / ウイルスの単離状態: SPECIES / ウイルスのタイプ: SATELLITE
天然宿主生物種: Acanthamoeba polyphaga
緩衝液名称: PBS / 詳細: PBS / pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: flash-frozen on holey grids in liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 38000 / 倍率(補正後の値): 39190 / 最大 デフォーカス(公称値): 3582 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 767 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 70 kelvins
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
放射Diffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMfitmodel fitting
2EMAN3D reconstruction
CTF補正詳細: CTF parameters were calculated for particles in each micrograph.
対称性点対称性: I
3次元再構成実験手法: projection matching / 分解能: 10.6 Å / 粒子像の数: 6780 / ピクセルサイズ(公称値): 1.62 / ピクセルサイズ(実際の値): 1.62 / 詳細: EMAN / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body / 精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL / 当てはまり具合の基準: Sumf
原子モデル構築PDB-ID: 1M3Y
置いた原子数 #LASTタンパク質: 5369 / 核酸: 0 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 5369

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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