[日本語] English
万見
- PDB-3keb: Thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3keb
タイトルThiol peroxidase from Chromobacterium violaceum
要素Probable thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / APC40679 / thiol peroxidase. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Peroxidase (ペルオキシダーゼ)
機能・相同性酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Probable thiol peroxidase
機能・相同性情報
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum
著者: Osipiuk, J. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable thiol peroxidase
B: Probable thiol peroxidase
C: Probable thiol peroxidase
D: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7599
ポリマ－102,4604
非ポリマー2985
水13,709761
1
A: Probable thiol peroxidase
B: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3624
ポリマ－51,2302
非ポリマー1322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
2
C: Probable thiol peroxidase
D: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3975
ポリマ－51,2302
非ポリマー1673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.630, 59.387, 93.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Probable thiol peroxidase


分子量: 25615.123 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: ATCC 12472 / 遺伝子: CV_3708 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7NRS2, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43 Å / Num. all: 74165 / Num. obs: 74165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.218 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 3250 / Χ2: 1.292 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q98

1q98


解像度: 1.8→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU B: 6.975 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3740 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.207 74115 --
obs0.207 74115 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.17 Å2 / Biso mean: 18.685 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20.53 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5616 0 13 761 6390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9728331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.978310185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1825781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10123.312311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.805151057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5391554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1151.53623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3941.51435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89425914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08532460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7454.52368
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 231 -
Rwork0.382 4307 -
all-4538 -
obs-4538 82.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83170.2110.3121.2781-0.18141.1665-0.02990.00650.0012-0.07420.01040.0273-0.0263-0.03960.01950.01550.0109-0.00660.0148-0.0090.009339.040231.631455.5421
20.9782-0.1307-0.52191.4989-0.17440.9522-0.002-0.0041-0.01450.0912-0.03320.075-0.0048-0.00950.03520.0177-0.01210.00790.0108-0.00710.009934.493328.193486.0226
30.92220.0301-0.44391.4840.04850.83410.00940.0082-0.0035-0.0451-0.0368-0.0733-0.00920.00430.02740.01270.01170.00630.01210.00610.011357.229757.981452.9132
40.859-0.19250.32611.1960.18191.0483-0.0308-0.01830.00530.07050.008-0.0269-0.01710.04420.02280.0211-0.0112-0.00470.01530.00780.00752.773461.333583.4339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 176
2X-RAY DIFFRACTION1A223 - 753
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 174
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 303
5X-RAY DIFFRACTION2B223 - 757
6X-RAY DIFFRACTION3C1 - 174
7X-RAY DIFFRACTION3C302 - 305
8X-RAY DIFFRACTION3C223 - 761
9X-RAY DIFFRACTION4D2 - 176
10X-RAY DIFFRACTION4D304
11X-RAY DIFFRACTION4D223 - 760

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る