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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j6s | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 3 at 28 degrees C | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Dengue virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||
データ登録者 | Fibriansah, G. / Tan, J.L. / Smith, S.A. / de Alwis, R. / Ng, T.-S. / Kostyuchenko, V.A. / Kukkaro, P. / de Silva, A.M. / Crowe Jr., J.E. / Lok, S.-M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: A highly potent human antibody neutralizes dengue virus serotype 3 by binding across three surface proteins. 著者: Guntur Fibriansah / Joanne L Tan / Scott A Smith / Ruklanthi de Alwis / Thiam-Seng Ng / Victor A Kostyuchenko / Ramesh S Jadi / Petra Kukkaro / Aravinda M de Silva / James E Crowe / Shee-Mei Lok / 要旨: Dengue virus (DENV) infects ~400 million people annually. There is no licensed vaccine or therapeutic drug. Only a small fraction of the total DENV-specific antibodies in a naturally occurring dengue ...Dengue virus (DENV) infects ~400 million people annually. There is no licensed vaccine or therapeutic drug. Only a small fraction of the total DENV-specific antibodies in a naturally occurring dengue infection consists of highly neutralizing antibodies. Here we show that the DENV-specific human monoclonal antibody 5J7 is exceptionally potent, neutralizing 50% of virus at nanogram-range antibody concentration. The 9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Fab 5J7-DENV complex shows that a single Fab molecule binds across three envelope proteins and engages three functionally important domains, each from a different envelope protein. These domains are critical for receptor binding and fusion to the endosomal membrane. The ability to bind to multiple domains allows the antibody to fully coat the virus surface with only 60 copies of Fab, that is, half the amount compared with other potent antibodies. Our study reveals a highly efficient and unusual mechanism of molecular recognition by an antibody. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j6s.cif.gz | 61.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j6s.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53682.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 281-773 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) 株: D3/SG/05K863DK1/2005 / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: Q6DLV0, UniProt: A9LID6*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 8347.836 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 206-280 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) 株: D3/SG/05K863DK1/2005 / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: Q6DLV0, UniProt: A9LID6*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dengue virus serotype 3 / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | 名称: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA / pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: ultra-thin carbon-coated lacey carbon grid |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 100 % 詳細: Blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing in liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) 手法: Blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年10月27日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 836 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Cross-common lines / 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 6800 / ピクセルサイズ(公称値): 1.16 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.16 Å 詳細: (Single particle details: Particles were manually selected.) (Single particle--Applied symmetry: I) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: real space correlation 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Initially fitted in Chimera, model rebuilt in Coot, refined in NAMD/MDFF | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3J27 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3J27 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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