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万見
- PDB-3j0r: Model of a type III secretion system needle based on a 7 Angstrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j0r
タイトルModel of a type III secretion system needle based on a 7 Angstrom resolution cryoEM map
要素Protein mxiH
キーワードPROTEIN TRANSPORT / helical assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Fujii, T. / Cheung, M. / Blanco, A. / Kato, T. / Blocker, A.J. / Namba, K.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure of a type III secretion needle at 7-Å resolution provides insights into its assembly and signaling mechanisms.
著者: Takashi Fujii / Martin Cheung / Amandine Blanco / Takayuki Kato / Ariel J Blocker / Keiichi Namba /
要旨: Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the ...Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the extracellular space to connect with the host cell plasma membrane. Their extracellular portion is a needle-like, hollow tube that serves as a secretion conduit for effector proteins. The needle of Shigella flexneri is approximately 50-nm long and 7-nm thick and is made by the helical assembly of one protein, MxiH. We provide a 7-Å resolution 3D image reconstruction of the Shigella needle by electron cryomicroscopy, which resolves α-helices and a β-hairpin that has never been observed in the crystal and solution structures of needle proteins, including MxiH. An atomic model of the needle based on the 3D-density map, in comparison with that of the bacterial-flagellar filament, provides insights into how such a thin tubular structure is stably assembled by intricate intermolecular interactions. The map also illuminates how the needle-length control protein functions as a ruler within the central channel during export of MxiH for assembly at the distal end of the needle, and how the secretion-activation signal may be transduced through a conformational change of the needle upon host-cell contact.
履歴
登録2011年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22012年3月21日Group: Other
改定 1.32012年4月4日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_single_particle_entity / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5352
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mxiH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1411
ポリマ－9,1411
非ポリマー00
水0
1
A: Protein mxiH
x 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,10322
ポリマ－201,10322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation21
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 22 / Rise per n subunits: 4.3 Å / Rotation per n subunits: 64.06 °)

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要素

#1: タンパク質 Protein mxiH / type III secretion needle


分子量: 9141.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: P0A223

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: type III secretion needleType three secretion system
タイプ: COMPLEX / 詳細: a helical assembly of MxiH
緩衝液名称: 20 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 2mM MgSO4 / pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 2mM MgSO4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil holey carbon molybdenum grid (R0.6/1.0, Quantifoil)
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (Vitrobot).

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年7月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 89285 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 1.6 mm
試料ホルダ温度: 50 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)

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解析

CTF補正詳細: CTFFIND3 Each particle
らせん対称回転角度/サブユニット: 64.06 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成手法: Projection Matching / 解像度: 7.7 Å / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数644 0 0 0 644

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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