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- PDB-3hm8: Crystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hm8
タイトルCrystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3
要素Hexokinase-3ヘキソキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / glucose (グルコース) / glucose-6-phosphate (グルコース-6-リン酸) / non-protein kinase / hexokinase (ヘキソキナーゼ) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Allosteric enzyme / ATP-binding / Glycolysis (解糖系) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hexokinase activity / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / neutrophil degranulation / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process ...hexokinase activity / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / neutrophil degranulation / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / 解糖系 / cellular glucose homeostasis / glycolytic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / extracellular region / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, binding site / Hexokinase domain signature. / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, binding site / Hexokinase domain signature. / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Hexokinase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3
著者: Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-3
B: Hexokinase-3
C: Hexokinase-3
D: Hexokinase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,23512
ポリマ-193,4744
非ポリマー1,7618
0
1
A: Hexokinase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8093
ポリマ-48,3681
非ポリマー4402
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hexokinase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8093
ポリマ-48,3681
非ポリマー4402
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hexokinase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8093
ポリマ-48,3681
非ポリマー4402
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hexokinase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8093
ポリマ-48,3681
非ポリマー4402
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.904, 83.904, 323.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D
14A
24B
34C
44D
15A
25B
35C
45D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A479 - 773
2111B479 - 773
3111C479 - 773
4111D479 - 773
1124A774 - 778
2124B774 - 778
3124C774 - 778
4124D774 - 778
1131A779 - 799
2131B779 - 799
3131C779 - 799
4131D779 - 799
1144A800 - 826
2144B800 - 826
3144C800 - 826
4144D800 - 826
1151A827 - 1002
2151B827 - 1002
3151C827 - 1002
4151D827 - 1002

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Hexokinase-3 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase type III / HK III


分子量: 48368.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK3 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P52790, ヘキソキナーゼ
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / : C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / : C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.2
詳細: reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., ...詳細: reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 53686 / % possible obs: 98.4 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.666 / % possible all: 86.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2NZT, chain A, residues 468 through 913
解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.382 / SU ML: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PROGRAMS CHAINSAW, PRODRG, PHENIX, COOT AND MOLPROBLITY WERE ALSO USED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1502 2.837 %
Rwork0.245 --
obs0.245 52939 97.2 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 69.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.541 Å20 Å20 Å2
2--5.541 Å20 Å2
3----11.082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12521 0 112 0 12633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02212803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.9817404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7833.00119913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.86451749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61224.103468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.488151929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3041578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.22118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0214625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.071.58655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.031.53620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.137213638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.34234148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5764.53766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A3356tight positional0.020.05
12B3356tight positional0.010.05
13C3356tight positional0.010.05
14D3356tight positional0.010.05
31A233tight positional0.030.05
32B233tight positional0.020.05
33C233tight positional0.010.05
34D233tight positional0.010.05
51A1041tight positional0.020.05
52B1041tight positional0.010.05
53C1041tight positional0.020.05
54D1041tight positional0.010.05
21A20medium positional0.130.5
22B20medium positional0.230.5
23C20medium positional0.220.5
24D20medium positional0.10.5
41A261medium positional0.190.5
42B261medium positional0.390.5
43C261medium positional0.280.5
44D261medium positional0.290.5
11A3356tight thermal0.020.5
12B3356tight thermal0.020.5
13C3356tight thermal0.020.5
14D3356tight thermal0.020.5
31A233tight thermal0.030.5
32B233tight thermal0.030.5
33C233tight thermal0.020.5
34D233tight thermal0.030.5
51A1041tight thermal0.030.5
52B1041tight thermal0.020.5
53C1041tight thermal0.020.5
54D1041tight thermal0.020.5
21A20medium thermal0.172
22B20medium thermal0.092
23C20medium thermal0.132
24D20medium thermal0.122
41A261medium thermal0.182
42B261medium thermal0.192
43C261medium thermal0.122
44D261medium thermal0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.406 3210 -
Rfree-0 -
obs--82.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5995-0.8355-0.93351.62921.08043.69540.2508-0.1380.03770.0117-0.1666-0.1735-0.39160.1009-0.08420.1513-0.05890.01620.06710.02760.180711.6237-0.8335-27.4201
23.24131.1504-0.33992.5303-1.31594.93150.07650.57380.0271-0.0847-0.0372-0.1213-0.42390.2217-0.03930.1795-0.07050.04390.2517-0.01910.330432.938843.940211.1335
32.79290.42731.68452.4697-0.03225.10490.3385-0.3091-0.2537-0.0035-0.17170.2850.1323-0.8575-0.16680.1596-0.17770.00860.3709-0.03860.1778-7.3558-3.13649.1463
42.8234-1.04851.33052.81080.06414.4730.1518-0.0705-0.08150.0439-0.0226-0.21270.12120.5534-0.12920.10110.19210.03550.52210.09380.378752.851140.0313-24.4231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1002
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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