PDB-3hm8: Crystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hm8

タイトル

Crystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3

要素

Hexokinase-3

キーワード

TRANSFERASE / glucose / glucose-6-phosphate / non-protein kinase / hexokinase / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Allosteric enzyme / ATP-binding / Glycolysis / Kinase / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

hexokinase activity / mannokinase activity / neutrophil degranulation / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal Hexokinase domain of human HK3
著者: Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Rabeh, W. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hm8.cif.gz	642.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hm8.ent.gz	534.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hm8_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hm8_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3hm8_validation.xml.gz	58.5 KB	表示
CIF形式データ	3hm8_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nztS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fv8-d 4ux9-3 3vud-d 3vuh-d 6r0a-d 3goi-d 5eta-1 6y7w-d 4ijp-2 2f49-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hexokinase-3

B: Hexokinase-3

C: Hexokinase-3

D: Hexokinase-3

ヘテロ分子

195 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hexokinase-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hexokinase-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Hexokinase-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Hexokinase-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.904, 83.904, 323.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	479 - 773
2	1	1	1	B	479 - 773
3	1	1	1	C	479 - 773
4	1	1	1	D	479 - 773
1	1	2	4	A	774 - 778
2	1	2	4	B	774 - 778
3	1	2	4	C	774 - 778
4	1	2	4	D	774 - 778
1	1	3	1	A	779 - 799
2	1	3	1	B	779 - 799
3	1	3	1	C	779 - 799
4	1	3	1	D	779 - 799
1	1	4	4	A	800 - 826
2	1	4	4	B	800 - 826
3	1	4	4	C	800 - 826
4	1	4	4	D	800 - 826
1	1	5	1	A	827 - 1002
2	1	5	1	B	827 - 1002
3	1	5	1	C	827 - 1002
4	1	5	1	D	827 - 1002

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質

Hexokinase-3 / Hexokinase type III / HK III

分子量: 48368.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK3 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P52790, hexokinase

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 糖

ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7.2 詳細: reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., ...詳細: reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %

結晶化

温度: 291 K / pH: 7.2
詳細: reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 53686 / % possible obs: 98.4 %
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.666 / % possible all: 86.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2NZT, chain A, residues 468 through 913

2nzt

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.382 / SU ML: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PROGRAMS CHAINSAW, PRODRG, PHENIX, COOT AND MOLPROBLITY WERE ALSO USED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	1502	2.837 %
R_work	0.245	-	-
obs	0.245	52939	97.2 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.541 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.541 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.082 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12521	0	112	0	12633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	12803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.98	17404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3.001	19913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.864	5	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.612	24.103	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.488	15	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.304	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	14625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.07	1.5	8655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.03	1.5	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.137	2	13638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.342	3	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.576	4.5	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3356	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	3356	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	3356	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	3356	tight positional	0.01	0.05
3	1	A	233	tight positional	0.03	0.05
3	2	B	233	tight positional	0.02	0.05
3	3	C	233	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	233	tight positional	0.01	0.05
5	1	A	1041	tight positional	0.02	0.05
5	2	B	1041	tight positional	0.01	0.05
5	3	C	1041	tight positional	0.02	0.05
5	4	D	1041	tight positional	0.01	0.05
2	1	A	20	medium positional	0.13	0.5
2	2	B	20	medium positional	0.23	0.5
2	3	C	20	medium positional	0.22	0.5
2	4	D	20	medium positional	0.1	0.5
4	1	A	261	medium positional	0.19	0.5
4	2	B	261	medium positional	0.39	0.5
4	3	C	261	medium positional	0.28	0.5
4	4	D	261	medium positional	0.29	0.5
1	1	A	3356	tight thermal	0.02	0.5
1	2	B	3356	tight thermal	0.02	0.5
1	3	C	3356	tight thermal	0.02	0.5
1	4	D	3356	tight thermal	0.02	0.5
3	1	A	233	tight thermal	0.03	0.5
3	2	B	233	tight thermal	0.03	0.5
3	3	C	233	tight thermal	0.02	0.5
3	4	D	233	tight thermal	0.03	0.5
5	1	A	1041	tight thermal	0.03	0.5
5	2	B	1041	tight thermal	0.02	0.5
5	3	C	1041	tight thermal	0.02	0.5
5	4	D	1041	tight thermal	0.02	0.5
2	1	A	20	medium thermal	0.17	2
2	2	B	20	medium thermal	0.09	2
2	3	C	20	medium thermal	0.13	2
2	4	D	20	medium thermal	0.12	2
4	1	A	261	medium thermal	0.18	2
4	2	B	261	medium thermal	0.19	2
4	3	C	261	medium thermal	0.12	2
4	4	D	261	medium thermal	0.12	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.406	3210	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	82.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5995	-0.8355	-0.9335	1.6292	1.0804	3.6954	0.2508	-0.138	0.0377	0.0117	-0.1666	-0.1735	-0.3916	0.1009	-0.0842	0.1513	-0.0589	0.0162	0.0671	0.0276	0.1807	11.6237	-0.8335	-27.4201
2	3.2413	1.1504	-0.3399	2.5303	-1.3159	4.9315	0.0765	0.5738	0.0271	-0.0847	-0.0372	-0.1213	-0.4239	0.2217	-0.0393	0.1795	-0.0705	0.0439	0.2517	-0.0191	0.3304	32.9388	43.9402	11.1335
3	2.7929	0.4273	1.6845	2.4697	-0.0322	5.1049	0.3385	-0.3091	-0.2537	-0.0035	-0.1717	0.285	0.1323	-0.8575	-0.1668	0.1596	-0.1777	0.0086	0.3709	-0.0386	0.1778	-7.3558	-3.1364	9.1463
4	2.8234	-1.0485	1.3305	2.8108	0.0641	4.473	0.1518	-0.0705	-0.0815	0.0439	-0.0226	-0.2127	0.1212	0.5534	-0.1292	0.1011	0.1921	0.0355	0.5221	0.0938	0.3787	52.8511	40.0313	-24.4231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 1002
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 1002
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 1002
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 1002

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関連情報:EMDBヘッダ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)