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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h7d | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of the cathepsin K Variant M5 in complex with chondroitin-4-sulfate | |||||||||
要素 | Cathepsin KカテプシンK | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glycosaminoglycan (グリコサミノグリカン) / sulfhydryl peptidase / cathepsin K mutant / ternary complex / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lysosome (リソソーム) / Protease (プロテアーゼ) / Thiol protease (システインプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / autophagy of mitochondrion / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cysteine-type peptidase activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / bone resorption / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / リソソーム / 免疫応答 / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 核質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.242 Å | |||||||||
データ登録者 | Cherney, M.M. / Kienetz, M. / Bromme, D. / James, M.N.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structure-activity analysis of cathepsin K/chondroitin 4-sulfate interactions. 著者: Cherney, M.M. / Lecaille, F. / Kienitz, M. / Nallaseth, F.S. / Li, Z. / James, M.N. / Bromme, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h7d.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h7d.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/3h7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/3h7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1atkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23459.307 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 115-329 / 変異: K9E, I171E, Q172S, N190M, K191G, L195K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43235, カテプシンK #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN (BDP-ASG)N IS CONTINUOUS. IT IS RUNNING THROUGH THE SEVERAL UNIT CELLS. ...THE OLIGOSACCH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% MPD, 0.1M acetate buffer, 20mM CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 24791 / Num. obs: 24692 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ATK 解像度: 2.242→40.245 Å / SU ML: 0.9 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.08
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.713 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.242→40.245 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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