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万見
- PDB-3gql: Crystal Structure of activated receptor tyrosine kinase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gql
タイトルCrystal Structure of activated receptor tyrosine kinase in complex with substrates
要素Basic fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / phosphorylated kinase / activation (活性化) / ATP analog / ATP-binding / Craniosynostosis (頭蓋骨縫合早期癒合症) / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Dwarfism (小人症) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Heparin-binding / Hypogonadotropic hypogonadism / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Kallmann syndrome (カルマン症候群) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Transferase (転移酵素) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cementum mineralization / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / auditory receptor cell development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of parathyroid hormone secretion / chordate embryonic development / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / fibroblast growth factor receptor activity / FGFR1b ligand binding and activation / branching involved in salivary gland morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / phosphatidylinositol-mediated signaling / outer ear morphogenesis / middle ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / skeletal system morphogenesis / ureteric bud development / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / midbrain development / fibroblast growth factor binding / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / regulation of cell differentiation / PI-3K cascade:FGFR1 / PI3K Cascade / 上皮間葉転換 / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / calcium ion homeostasis / chondrocyte differentiation / positive regulation of phospholipase C activity / SHC-mediated cascade:FGFR1 / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / skeletal system development / stem cell proliferation / 細胞分化 / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / neuron migration / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of neuron projection development / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron projection development / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / 遺伝子発現 / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / RAF/MAP kinase cascade / 血管新生 / protein tyrosine kinase activity / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GQL / 線維芽細胞増殖因子受容体1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bae, J.H. / Lew, E.D. / Yuzawa, S. / Tome, F. / Lax, I. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The selectivity of receptor tyrosine kinase signaling is controlled by a secondary SH2 domain binding site.
著者: Bae, J.H. / Lew, E.D. / Yuzawa, S. / Tome, F. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
C: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9666
ポリマ－111,8733
非ポリマー1,0933
水3,369187
1
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6552
ポリマ－37,2911
非ポリマー3641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6552
ポリマ－37,2911
非ポリマー3641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6552
ポリマ－37,2911
非ポリマー3641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
A: Basic fibroblast growth factor receptor 1
B: Basic fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3104
ポリマ－74,5822
非ポリマー7292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.168, 78.265, 98.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Basic fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / bFGF-R / Fms-like tyrosine kinase 2 / c-fgr


分子量: 37290.871 Da / 分子数: 3 / 断片: protein kinase domain / 変異: C488A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFBR, FGFR1, FLG, FLT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11362, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GQL / (E)-[4-(3,5-difluorophenyl)-3H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-ylidene](3-methoxyphenyl)methanol


分子量: 364.345 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14F2N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 36410 / Observed criterion σ(I): 2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å36.02 Å
Translation3 Å36.02 Å
Phasing dm shell解像度: 3→50 Å / Delta phi final: 0.154 / FOM : 0.158 / 反射: 26246

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→36.01 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1721 4.5 %
Rwork0.252 --
obs0.252 34333 89.8 %
溶媒の処理Bsol: 35.02 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 76.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.204 Å20 Å2-9.587 Å2
2---30.813 Å20 Å2
3---24.609 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6518 0 81 187 6786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4942.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CWATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLX052.PARPLX052.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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