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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g9n | ||||||
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タイトル | JNK3 bound to (Z)-1-((6-fluoro-4H-benzo[d][1,3]dioxin-8-yl)methyl)-3-(hydroxyimino)-4-phenylindolin-2-one | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 10 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / phosphorylation (リン酸化) / ATP-binding / Epilepsy (てんかん) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / 細胞老化 / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobs, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009 タイトル: Structure-based design and parallel synthesis of N-benzyl isatin oximes as JNK3 MAP kinase inhibitors. 著者: Cao, J. / Gao, H. / Bemis, G. / Salituro, F. / Ledeboer, M. / Harrington, E. / Wilke, S. / Taslimi, P. / Pazhanisamy, S. / Xie, X. / Jacobs, M. / Green, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3g9n.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3g9n.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3g9n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/3g9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/3g9n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42116.727 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNK3, JNK3A, MAPK10, PRKM10 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P53779, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-J88 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18-20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether (average Mr = 550), 10% (v/v) ethylene glycol, 20 mM beta-mercaptoethanol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→59.87 Å / Num. obs: 9652 / % possible obs: 82.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 8.501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / WRfactor Rfree: 0.308 / WRfactor Rwork: 0.224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.773 / SU B: 21.372 / SU ML: 0.418 / SU R Cruickshank DPI: 0.406 / SU Rfree: 0.542 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.525 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.8 Å2 / Biso mean: 37.763 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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