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万見
- PDB-3g8t: Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g8t
タイトルCrystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P
要素
  • RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
  • glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
キーワードRNA binding protein/RNA / catalytic RNA (リボザイム) / mRNA processing (転写後修飾) / mRNA splicing / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA-binding / Spliceosome (スプライセオソーム) / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GLP / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
syntetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Strobel, S.A. / Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Smith, K.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and chemical basis for glucosamine 6-phosphate binding and activation of the glmS ribozyme
著者: Cochrane, J.C. / Lipchock, S.V. / Smith, K.D. / Strobel, S.A.
履歴
登録2009年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref_seq
Item: _diffrn_source.type / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
P: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
F: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
Q: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
G: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
R: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
H: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
S: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,78726
ポリマ－244,50712
非ポリマー1,28014
水1,47782
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
P: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4356
ポリマ－61,1273
非ポリマー3083
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
F: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
Q: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5079
ポリマ－61,1273
非ポリマー3816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
G: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
R: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4597
ポリマ－61,1273
非ポリマー3324
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
H: RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')
S: glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3864
ポリマ－61,1273
非ポリマー2591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.389, 232.671, 106.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 8分子 EFGHPQRS

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*(A2M)P*GP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*U)-3')


分子量: 4177.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized at Dharmacon / 由来: (合成) syntetic construct (人工物)
#3: RNA鎖
glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme


分子量: 45608.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcribed from a DNA template / 由来: (合成) syntetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 snRNP protein A / U1A protein / U1-A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98) / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09012
#4: 糖
ChemComp-GLP / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 92分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射モノクロメーター: Si(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.23 Å / Num. obs: 46457 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 9.863
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3-3.11444921.041194.6
3.11-3.23445361.045194.60.521
3.23-3.38445101.033196.30.35
3.38-3.56445491.046195.50.341
3.56-3.78446761.0361980.249
3.78-4.07447041.029199.10.181
4.07-4.484.147291.012199.80.137
4.48-5.134.247401.02511000.098
5.13-6.464.247731.00711000.072
6.46-504.147481.025198.20.046

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→28.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 25.212 / SU ML: 0.477 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 2333 5.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.253 45861 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.03 Å2 / Biso mean: 61.196 Å2 / Biso min: 8.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å2-0 Å2-1.67 Å2
2---0.52 Å2-0 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2854 13172 74 82 16182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.02117726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8922.8526953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.696319720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4585346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.58423.185135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96415582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.371524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.23514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1791.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0161.5720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.33322838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.503315972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.914.524115
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 174 -
Rwork0.334 3078 -
all-3252 -
obs--95.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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