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- PDB-3fcc: CRYSTAL STRUCTURE OF DLTA PROTEIN IN COMPLEX WITH ATP and MAGNESIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fcc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DLTA PROTEIN IN COMPLEX WITH ATP and MAGNESIUM
要素D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1
キーワードLIGASE (リガーゼ) / DLTA / AMP-FORMING DOMAIN / D-ALANINE / ADENYLATION (アデニリル化) / D-ALANINE CARRIER PROTEIN LIGASE / ATP complex (アデノシン三リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase / D-alanine [D-alanyl carrier protein] ligase activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Osman, K.T. / Du, L. / He, Y. / Luo, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Bacillus cereus D-alanyl carrier protein ligase (DltA) in complex with ATP.
著者: Osman, K.T. / Du, L. / He, Y. / Luo, Y.
履歴
登録2008年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1573
ポリマ－57,6261
非ポリマー5312
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 87.000, 60.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1 / D-alanine-activating enzyme / DAE / D-alanine-D-alanyl carrier protein ligase / DCL


分子量: 57625.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: BC_1372, dltA / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-ROSETTA2 (DE3) / 参照: UniProt: Q81G39, EC: 6.1.1.13
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.05 M HEPES, 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 16% PEG 3350, 21% sucrose, PH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294.0K, pH 7.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.5418 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.971
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 28061 / Num. obs: 25327 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 45.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
CNS精密化
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHV

3dhv


解像度: 2.32→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1748 -RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.241 28061 --
obs0.241 25327 95.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3943 0 32 133 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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