+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fb6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | KcsA Potassium channel in the partially open state with 16 A opening at T112 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | membrane protein/metal transport (生体膜) / kcsa / open / inactivation / potassium channel (カリウムチャネル) / Cell membrane (細胞膜) / Ion transport / Ionic channel (イオンチャネル) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / Voltage-gated channel (電位依存性イオンチャネル) / membrane protein-metal transport COMPLEX (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG immunoglobulin complex / monoatomic ion transmembrane transport / B cell differentiation / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lividans (スナパリシン) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Cuello, L.G. / Jogini, V. / Cortes, D.M. / Perozo, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: KcsA Potassium channel in the partially open state with 16 A opening at T112 著者: Cuello, L.G. / Jogini, V. / Cortes, D.M. / Perozo, E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fb6.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3fb6.ent.gz | 85 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fb6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1k4cS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 10927.571 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-124 / Mutation: H25Q,L90C,R117Q,E120Q,R121Q,R122Q,H124Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lividans (スナパリシン) 遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-Gold / 参照: UniProt: P0A334 |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20-25% PEG400, 50mM magnesium acetate, 50mM sodium acetate pH 5.0-6.0, pH 5-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 5-6 |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å |
---|---|
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. all: 17949 / Num. obs: 17088 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1K4C 解像度: 3→40 Å / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
| ||||||||||||||||||
拘束条件 |
|