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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ezj
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the secretin GspD from ETEC determined with the assistance of a nanobody
要素
  • General secretion pathway protein GspD
  • NANOBODY NBGSPD_7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / SECRETIN (セクレチン) / SINGLE CHAIN ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Type II secretion system protein GspD / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Type II secretion system protein GspD / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / : / General secretion pathway protein GspD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Hol, W.G.
引用ジャーナル: Structure / : 2009
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the secretin GspD from ETEC determined with the assistance of a nanobody.
著者: Korotkov, K.V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Hol, W.G.
履歴
登録2008年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein GspD
C: General secretion pathway protein GspD
E: General secretion pathway protein GspD
G: General secretion pathway protein GspD
B: NANOBODY NBGSPD_7
D: NANOBODY NBGSPD_7
F: NANOBODY NBGSPD_7
H: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,80520
ポリマ-159,9038
非ポリマー90212
4,756264
1
A: General secretion pathway protein GspD
B: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子

E: General secretion pathway protein GspD
F: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,40210
ポリマ-79,9524
非ポリマー4516
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,x-1,-z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
2
A: General secretion pathway protein GspD
E: General secretion pathway protein GspD
B: NANOBODY NBGSPD_7
F: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,40210
ポリマ-79,9524
非ポリマー4516
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area29620 Å2
手法PISA
3
C: General secretion pathway protein GspD
D: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子

G: General secretion pathway protein GspD
H: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,40210
ポリマ-79,9524
非ポリマー4516
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+1/31
Buried area7810 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
4
C: General secretion pathway protein GspD
G: General secretion pathway protein GspD
D: NANOBODY NBGSPD_7
H: NANOBODY NBGSPD_7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,40210
ポリマ-79,9524
非ポリマー4516
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.520, 98.520, 402.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A8 - 35
2114C8 - 35
3114E8 - 35
4114G8 - 35
1214A42 - 71
2214C42 - 71
3214E42 - 71
4214G42 - 71
1314A79 - 82
2314C79 - 82
3314E79 - 82
4314G79 - 82
1414A104 - 130
2414C104 - 130
3414E104 - 130
4414G104 - 130
1514A137 - 172
2514C137 - 172
3514E137 - 172
4514G137 - 172
1124B1 - 120
2124D1 - 120
3124F1 - 120
4124H1 - 120

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細biological unit is a dodecamer, it is unknown at the moment how individual subunits are assembled in vivo

-
要素

#1: タンパク質
General secretion pathway protein GspD


分子量: 26227.707 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 40-277) / 変異: K38A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 1-238, SURFACE ENTROPY MUTATION K38A / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : H10407 / 遺伝子: gspD / プラスミド: pProEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B3IFK0, UniProt: Q707C1*PLUS
#2: 抗体
NANOBODY NBGSPD_7


分子量: 13748.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / 遺伝子: NBGSPD_7 / プラスミド: PHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5
詳細: 1.0M NA/K PHOSPHATE, pH 5.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 86152 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 57.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.7 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.72 / 反射: 43800 / Reflection acentric: 39357 / Reflection centric: 4443
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.3-37.6050.940.950.8822041611593
5.2-8.30.850.860.7864725538934
4.1-5.20.870.870.8181497265884
3.6-4.10.780.780.7678697162707
3.1-3.60.610.610.611261811696922
2.9-3.10.340.340.3164886085403

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.406 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2813 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 55400 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 44 264 10048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.95913377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7953.00116023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34424.324444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37151730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7521588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.26558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.25585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1930.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.431.58133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0531.52587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.479210151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.75234077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1894.53226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1572medium positional0.240.5
12C1572medium positional0.250.5
13E1572medium positional0.220.5
14G1572medium positional0.220.5
21B1512medium positional0.230.5
22D1512medium positional0.30.5
23F1512medium positional0.220.5
24H1512medium positional0.220.5
11A1572medium thermal0.192
12C1572medium thermal0.222
13E1572medium thermal0.242
14G1572medium thermal0.212
21B1512medium thermal0.22
22D1512medium thermal0.212
23F1512medium thermal0.192
24H1512medium thermal0.212
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 200 -
Rwork0.278 3811 -
obs--97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.552-1.7862-0.994711.5822.36254.7011-0.0837-0.4423-0.57410.43450.4945-0.63410.2650.6674-0.4108-0.09930.0007-0.119-0.1477-0.0218-0.063256.442-26.82228.606
22.34140.31271.7673.55961.43295.9199-0.2182-0.1099-0.11590.01990.2961-0.0304-0.09620.1299-0.07790.0687-0.0952-0.011-0.153-0.07770.076248.009-24.63816.416
30.19680.01810.17451.3012-3.025411.1990.02910.4248-0.0041-0.04260.17460.3180.9366-0.4502-0.20370.1709-0.25180.09320.1133-0.17560.306542.689-29.098-15.562
423.26211.75971.16848.63195.31689.8309-0.5046-0.5052-1.46380.68580.35810.31142.1573-0.01890.14650.2622-0.23370.3873-0.1153-0.28090.062244.118-34.029-24.994
55.17790.00590.7312.1753-0.43730.90380.119-0.16330.17310.53910.00960.329-0.1333-0.0485-0.12860.1029-0.13920.0951-0.21920.00040.106229.759-14.468.589
611.3924-5.15953.586512.0573-3.158.8285-0.2032-1.1298-0.27771.46360.4670.8183-0.7124-0.1419-0.26380.07490.10730.3526-0.09440.1923-0.300147.844-11.804100.978
73.7154-1.53571.11264.1338-0.42084.16240.1924-0.2296-0.24970.4383-0.01170.40410.17180.0016-0.18070.08150.13320.1186-0.12850.0941-0.054649.623-8.31186.727
81.12710.26874.11120.09470.694817.64680.0061-0.0529-0.299-0.20050.05410.1185-0.6874-0.5101-0.06030.2250.2855-0.08210.0389-0.010.341337.648-6.92255.909
910.8239-2.77614.707210.0193-7.115415.3859-0.4119-0.95040.10241.18660.18760.9721-0.3615-0.83450.22430.00120.135-0.1101-0.1956-0.11530.265729.097-7.06149.014
101.4987-0.202-1.31555.254-1.62772.99440.0337-0.09710.23830.22860.0355-0.5018-0.08030.166-0.0692-0.06920.13240.0371-0.1240.0390.027263.4280.53771.515
115.57152.0432.31789.91643.64834.8332-0.00140.7915-0.332-0.11890.4747-1.24660.2750.2507-0.4732-0.2385-0.07110.1484-0.0613-0.26520.077970.749-21.292-18.476
122.7131-0.58890.15295.88574.66113.92530.02950.33190.1337-0.057-0.0662-0.06960.055-0.05960.0367-0.0319-0.13240.0549-0.073-0.11390.12460.877-13.595-10.795
135.0055-1.5859-9.49780.51593.104818.70180.25160.00910.6413-0.13770.53230.0978-0.46720.1517-0.78390.5448-0.10530.0371-0.1539-0.09110.399551.573-0.18818.6
1420.4152-3.8878-13.900213.8727-8.200618.42490.4199-1.15990.202-1.109-0.9098-2.5181-1.21322.98280.4899-0.0029-0.12780.1676-0.24230.05360.433755.0635.24829.035
153.6885-1.21290.00444.75560.09030.9676-0.11870.40320.1278-0.18670.16770.0424-0.0321-0.0629-0.049-0.0533-0.21880.0608-0.1213-0.00620.102642.024-1.523-11.623
169.7176-1.6613.26857.766-0.37036.61360.1243-0.0141-0.836-0.76410.16482.4260.3272-0.7852-0.2891-0.2091-0.1116-0.1546-0.16290.00280.852229.909-34.83860.493
175.5342-1.55221.16755.1992-0.67092.4273-0.15580.0812-0.2737-0.4194-0.00050.83060.044-0.24180.1564-0.02710.096-0.0178-0.1270.03120.193342.016-28.73462.62
185.7124-0.20131.29799.39311.26942.1124-0.3202-0.0345-0.50450.36760.22790.5650.47360.02160.09230.00140.11180.0619-0.16740.0810.048349.981-32.64668.43
1913.53471.6944-0.762511.0026-2.31972.5716-0.44530.2087-0.02550.310.4553-0.945-0.13780.2098-0.00990.24450.328-0.1552-0.0175-0.04440.079273.342-22.38190.682
204.0365-0.6322-0.69213.2511-0.13710.8768-0.06740.1484-0.1636-0.4349-0.0405-0.179-0.0118-0.08530.10780.0790.13510.0676-0.15620.043-0.0561.887-20.2454.411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3A154 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4A213 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6C4 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7C48 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8C154 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9C214 - 235
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11E4 - 47
12X-RAY DIFFRACTION12E48 - 152
13X-RAY DIFFRACTION13E153 - 217
14X-RAY DIFFRACTION14E222 - 235
15X-RAY DIFFRACTION15F1 - 120
16X-RAY DIFFRACTION16G4 - 47
17X-RAY DIFFRACTION17G48 - 126
18X-RAY DIFFRACTION18G127 - 163
19X-RAY DIFFRACTION19G164 - 235
20X-RAY DIFFRACTION20H1 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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