+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eh5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the reduced form of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME BA3 OXIDASE / HEME (ヘム) / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / COPPER (銅) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HYDROGEN ION TRANSPORT / ION TRANSPORT / IRON (鉄) / METAL-BINDING / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / TRANSPORT / FORMYLATION / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Chen, Y. / Doukov, T. / Soltis, S.M. / Stout, D. / Fee, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: structure ...タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: structure of the reduced form of the enzyme. 著者: Liu, B. / Chen, Y. / Doukov, T. / Soltis, S.M. / Stout, C.D. / Fee, J.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: An unexpected outcome of surface engineering an integral membrane protein: improved crystallization of cytochrome ba(3) from Thermus thermophilus 著者: Liu, B. / Luna, M. / Chen, Y. / Stout, D. / Fee, J.A. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: A novel cryoprotection scheme for enhancing the diffraction of crystals of recombinant cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus 著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eh5.cif.gz | 175.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3eh5.ent.gz | 134.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3eh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3eh5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 68987.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-562 / 変異: K258R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 発現宿主: THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 18349.990 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-168 / 変異: E4Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 発現宿主: THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 5分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3638.407 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-34 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 発現宿主: THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
---|---|
#7: 糖 | ChemComp-BNG / |
-非ポリマー , 5種, 87分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
---|---|
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / |
#8: 化合物 | ChemComp-CUA / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Peg 2000, Bis-tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC Quantum-315R CCD / 検出器: Q315R / 日付: 2007年7月27日 詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing). |
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 33534 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XME 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 27.09 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.502 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.42 Å / Origin y: 22.384 Å / Origin z: -0.441 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|