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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3efi | ||||||
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タイトル | Carbonic anhydrase activators: Kinetic and X-ray crystallographic study for the interaction of d- and l-tryptophan with the mammalian isoforms I-XIV | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / activators / aminoacids / OXO-ACID (オキソ酸) / Acetylation (アセチル化) / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / Metal-binding / Polymorphism / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Temperini, C. / Innocenti, A. / Scozzafava, A. / Supuran, C.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2008 タイトル: Carbonic anhydrase activators: kinetic and X-ray crystallographic study for the interaction of D- and L-tryptophan with the mammalian isoforms I-XIV 著者: Temperini, C. / Innocenti, A. / Scozzafava, A. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3efi.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3efi.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3efi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ca2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Chemically synthesized. This sequence occurs naturally in humans(homo sapiens). 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MBO / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE NUMBER 126 IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING. THE GAP IS IN THE SEQUENCE NUMBERING OF MODEL ...THE NUMBER 126 IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING. THE GAP IS IN THE SEQUENCE NUMBERING OF MODEL 1CA2, THAT IS THE STARTING MODEL FOR ALL CA2 STRUCTURES |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50mM Tris.HCl pH 7.7-7.8, 2mM sodium 4-(hydroxymercury)benzoate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K PH範囲: 7.7-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCED ULTRA / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: capillary / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 24484 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 15.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4080 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CA2 解像度: 1.75→10.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 2.708 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.767 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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