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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3efh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1 | ||||||
要素 | Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Charcot-Marie-Tooth disease (シャルコー・マリー・トゥース病) / Deafness (難聴) / Disease mutation / Gout (痛風) / Kinase (キナーゼ) / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nucleotide biosynthesis / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / hypoxanthine biosynthetic process / ribose phosphate diphosphokinase complex / リボースリン酸ジホスホキナーゼ / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / urate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process ...5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / hypoxanthine biosynthetic process / ribose phosphate diphosphokinase complex / リボースリン酸ジホスホキナーゼ / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / urate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleobase metabolic process / nervous system development / kinase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Li, X. / Peng, X. / Li, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1 著者: Peng, X. / Li, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3efh.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3efh.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3efh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hcrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35950.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPS1 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P60891, リボースリン酸ジホスホキナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 2.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% (v/v) glycerol, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→42.295 Å / Num. all: 18873 / Num. obs: 18518 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.4 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2623 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 88.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HCR 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.566 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.116 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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