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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dbh | ||||||
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タイトル | Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Ala-NEDD8Ala72Arg) | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / activating enzyme / Apoptosis / Membrane / Ubl conjugation pathway / ATP-binding / Ligase / Nucleotide-binding / Polymorphism / Nucleus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis ...E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / post-translational protein modification / regulation of neuron apoptotic process / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / UCH proteinases / protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Souphron, J. / Schulman, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Structural dissection of a gating mechanism preventing misactivation of ubiquitin by NEDD8's E1. 著者: Souphron, J. / Waddell, M.B. / Paydar, A. / Tokgoz-Gromley, Z. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dbh.cif.gz | 800.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dbh.ent.gz | 651.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dbh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dbh_validation.pdf.gz | 549.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dbh_full_validation.pdf.gz | 740.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dbh_validation.xml.gz | 156.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dbh_validation.cif.gz | 209.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3dbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3dbh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59973.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAE1, APPBP1 / プラスミド: pABLO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold (DE3) / 参照: UniProt: Q13564 #2: タンパク質 | 分子量: 48681.633 Da / 分子数: 4 / Mutation: R190A, C216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA3, UBE1C / プラスミド: pABLO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold (DE3) 参照: UniProt: Q8TBC4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #3: タンパク質 | 分子量: 9721.208 Da / 分子数: 4 / Mutation: A172R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / プラスミド: pGEX2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (RIL) / 参照: UniProt: Q15843 #4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 127325 / Num. obs: 127293 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 10728 / % possible all: 81.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement 開始モデル: PDB entry 1R4M 解像度: 2.85→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
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拘束条件 |
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