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- PDB-3d71: Crystal structure of E253Q BMRR bound to 22 base pair promoter site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d71
タイトルCrystal structure of E253Q BMRR bound to 22 base pair promoter site
要素
  • BMR promoter DNA
  • Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / MULTIDRUG BINDING PROTEIN / MERR FAMILY / WINGED-HELIX / Activator / DNA-binding / Transcription regulation / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / クエン酸 / イミダゾール / S-1,2-PROPANEDIOL / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Newberry, K.J. / Huffman, J.L. / Brennan, R.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of BmrR-Drug Complexes Reveal a Rigid Multidrug Binding Pocket and Transcription Activation through Tyrosine Expulsion
著者: Newberry, K.J. / Huffman, J.L. / Miller, M.C. / Vazquez-Laslop, N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structural Mechanism for Transcription Activation by Merr Family Member Multidrug Transporter Activation, N Terminus.
著者: Newberry, K.J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,76813
ポリマ－40,8402
非ポリマー92811
水99155
1
M: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子

M: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,53626
ポリマ－81,6804
非ポリマー1,85722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area16190 Å2
ΔGint-50.9 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.480, 105.480, 147.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 MA

#1: DNA鎖 BMR promoter DNA


分子量: 7362.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator


分子量: 33477.219 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-278 / Mutation: E253Q, A277L, E278D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrR, bmr1R / プラスミド: PBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P39075

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非ポリマー , 6種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル / プロパンジオール


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル / 2,2,2-トリフルオロエタノール


分子量: 100.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#7: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CITRATE11
2SODIUM CITRATE12
3IMIDAZOLEイミダゾール11
4IMIDAZOLEイミダゾール12
5TRIFLUOROETHANOL11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.2 Å / Num. obs: 20900 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EXJ

1exj


解像度: 2.8→47.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 20900 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.42 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.32 Å20 Å20 Å2
2--10.32 Å20 Å2
3----20.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2285 468 60 55 2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.15
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.73
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.26
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 184 5.4 %
Rwork0.329 3240 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.TOPPROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.TOPDNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER.TOPWATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.TOPFLO_PAR.TXT
X-RAY DIFFRACTION5FLO_TOP.TXTION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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