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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cqe | ||||||
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タイトル | Wee1 kinase complex with inhibitor PD074291 | ||||||
要素 | Wee1-like protein kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase domain (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis ...G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / 細胞分裂 / リン酸化 / 核小体 / magnesium ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Squire, C.J. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Determinants of Wee1 Inhibitor Selectivity 著者: Squire, C.J. / Baker, E.N. / Dickson, J.M. / Ivanovic, I. / Smaill, J. / Denny, W.A. / Palmer, B. / Thompson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cqe.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cqe.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1x8bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32296.770 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: wee1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-P91 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月15日 / 詳細: osmic |
放射 | モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→63.5 Å / Num. all: 13764 / Num. obs: 13764 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.75 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1119 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1X8B 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 16.155 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.194 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.527 Å / Origin y: 43.085 Å / Origin z: 30.225 Å
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