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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cn8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of fms1 in complex with spermidine | ||||||
要素 | Polyamine oxidase FMS1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / fms1 / complex / spermidine (スペルミジン) / FAD / Flavoprotein (フラボタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 非特異的ポリアミンオキシダーゼ / spermidine:oxygen oxidoreductase (3-aminopropanal-forming) activity / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N1-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / spermine:oxygen oxidoreductase (spermidine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / pantothenate biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding ...非特異的ポリアミンオキシダーゼ / spermidine:oxygen oxidoreductase (3-aminopropanal-forming) activity / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N1-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / spermine:oxygen oxidoreductase (spermidine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / pantothenate biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Q. / Hao, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of fms1 in complex with spermidine 著者: Huang, Q. / Hao, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cn8.cif.gz | 209.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cn8.ent.gz | 166.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cn8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cn8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yy5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58943.594 Da / 分子数: 2 / 断片: fms1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: FMS1 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50264, EC: 1.5.3.11 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG8000, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 67178 / Num. obs: 62677 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3314 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 81.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1YY5 解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 54.481 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.682 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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Xplor file |
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