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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ckl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT1B1 in complex with PAP and resveratrol | ||||||
要素 | Sulfotransferase family cytosolic 1B member 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SULT1B1 / human cytosolic sulfotransferase / resveratrol (レスベラトロール) / SGC / Cytoplasm (細胞質) / Lipid metabolism (脂質代謝) / Polymorphism / Steroid metabolism (ステロイド) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenol-containing compound metabolic process / biogenic amine metabolic process / aryl sulfotransferase / thyroid hormone metabolic process / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process ...phenol-containing compound metabolic process / biogenic amine metabolic process / aryl sulfotransferase / thyroid hormone metabolic process / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / ethanol catabolic process / sulfotransferase activity / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Pan, P.W. / Tempel, W. / Dong, A. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. ...Pan, P.W. / Tempel, W. / Dong, A. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT1B1 in complex with PAP and resveratrol. 著者: Pan, P.W. / Tempel, W. / Dong, A. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ckl.cif.gz | 150 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ckl.ent.gz | 116 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ckl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1xv1 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35093.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1B1, ST1B2, SULT1B2 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL (Stratagene) 参照: UniProt: O43704, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 17% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.001M DTT, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 55786 / Num. obs: 55786 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique all: 1432 / Rsym value: 0.545 / % possible all: 22.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1XV1 1xv1 解像度: 2→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.099 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program coot 0.3.3 has also been used in refinement
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.293 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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