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- PDB-3ck7: B. thetaiotaomicron SusD with alpha-cyclodextrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ck7
タイトルB. thetaiotaomicron SusD with alpha-cyclodextrin
要素SusDLunca, Bihor
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TPR repeat / carbohydrate binding (炭水化物) / starch binding (デンプン)
機能・相同性
機能・相同性情報


starch metabolic process / starch catabolic process / starch binding / outer membrane / cell outer membrane / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TPR-like / SusD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...TPR-like / SusD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cyclodextrin / Starch-binding protein SusD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. / Gordon, J.I. / Smith, T.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Starch catabolism by a prominent human gut symbiont is directed by the recognition of amylose helices.
著者: Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. / Gordon, J.I. / Smith, T.J.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD
B: SusD
C: SusD
D: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,27510
ポリマ－239,1334
非ポリマー2,1426
水23,9961332
1
A: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8232
ポリマ－59,7831
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8143
ポリマ－59,7831
非ポリマー1,0312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8143
ポリマ－59,7831
非ポリマー1,0312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8232
ポリマ－59,7831
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.100, 163.300, 123.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SusD / Lunca, Bihor


分子量: 59783.340 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-551 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: SusD / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A1G2
#2: 多糖 Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin / Α-Cyclodextrin


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 薬物デリバリードラッグデリバリーシステム
分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,6,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a1-f4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ORIGINAL SUSD GENE SEQUENCE DEPOSITED BY WASHINGTON UNIVERSITY (FROM JEFFREY I GORDON'S ...THE ORIGINAL SUSD GENE SEQUENCE DEPOSITED BY WASHINGTON UNIVERSITY (FROM JEFFREY I GORDON'S LABORATORY) IS INCORRECT. THE SAME LAB HAS SUBSEQUENTLY RE-SEQUENCED THE GENE AND CONFIRMED THAT LYS IS THE CORRECT AMINO ACID AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: seeding in batch / pH: 8.5
詳細: 50mM Tris pH 8.5, 100mM sodium acetate, 15% PEG 4000, 2.5mM alpha-cyclodextrin, seeding in batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: その他 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→67.5 Å / Num. all: 127524 / Num. obs: 127524 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 16027 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 81.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CK8

3ck8


解像度: 2.1→67.5 Å / FOM work R set: 0.865 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 12682 9.3 %random
Rwork0.194 ---
all0.194 127468 --
obs0.194 114786 93.1 %-
溶媒の処理Bsol: 47.812 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 12.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.202 Å20 Å2-1.292 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16002 0 136 1332 17470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8152
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5352.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5acx2.paramacx2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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