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万見
- PDB-3chb: CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chb
タイトルCHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE
要素CHOLERA TOXINコレラ毒素
キーワードTOXIN (毒素) / TOXIN-RECEPTOR COMPLEX / PENTASACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / ペリプラズム / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The 1.25 A resolution refinement of the cholera toxin B-pentamer: evidence of peptide backbone strain at the receptor-binding site.
著者: Merritt, E.A. / Kuhn, P. / Sarfaty, S. / Erbe, J.L. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Structural Studies of Receptor Binding by Cholera Toxin Mutants
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Jobling, M.G. / Chang, T. / Holmes, R.K. / Hirst, T.R. / Hol, W.G.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Cholera Toxin B-Pentamer Bound to Receptor Gm1 Pentasaccharide
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Van Den Akker, F. / L'Hoir, C. / Martial, J.A. / Hol, W.G.
履歴
登録1998年3月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CHOLERA TOXIN
E: CHOLERA TOXIN
F: CHOLERA TOXIN
G: CHOLERA TOXIN
H: CHOLERA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,28819
ポリマ－58,8685
非ポリマー5,42114
水13,655758
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21490 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.124, 66.176, 78.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.446207, -0.852405, -0.27259), (0.85284, 0.312704, 0.418186), (-0.271223, -0.419073, 0.866496)
ベクター: 37.8998, 21.8212, 18.6237)

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 DEFGH

#1: タンパク質
CHOLERA TOXIN / コレラ毒素


分子量: 11773.510 Da / 分子数: 5 / 断片: B-PENTAMER / 変異: H94R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RECEPTOR BINDING SITE ON EACH MONOMER OCCUPIED BY GM1 PENTASACCHARIDE
由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: OGAWA 41 (CLASSICAL BIOTYPE) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01556

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糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 765分子

#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.4 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: SITTING DROP, pH 7.0, vapor diffusion - sitting drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMHEPES1drop
20.001 mMPMSF1drop
30.001 mMleupeptin1drop
40.001 mMpepstain1drop
50.001 mMEDTA1drop
60.01 mMGM1 pentasaccharide1drop
722 %(w/v)PEG80001reservoir
810 %(w/v)mPEG3501reservoir
9200 mMcalcium acetate1reservoir
10100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: BENT CRYSTAL + VERTICAL MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40 Å / Num. obs: 126728 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Num. measured all: 858588
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX-96精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 2CHB

2chb


解像度: 1.25→22 Å / Num. parameters: 46849 / Num. restraintsaints: 21203 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: SHELX-96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 6491 5 %RANDOM
all0.1326 123337 --
obs0.1326 -92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
Refine analyzeNum. disordered residues: 12
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4098 0 347 758 5203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.423
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.073
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.046
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.1326
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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