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- PDB-3cd0: Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cd0
タイトルThermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductaseHMG-CoAレダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / HMG-COA (ヒドロキシメチルグルタリルCoA) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / STATIN (スタチン) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipid synthesis (脂質代謝) / Membrane (生体膜) / Peroxisome (ペルオキシソーム) / Polymorphism / Steroid biosynthesis (ステロイド) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / peroxisomal membrane ...ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / peroxisomal membrane / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / long-term synaptic potentiation / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体
類似検索 - 分子機能
HMGR, N-terminal domain / HMGR, N-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. ...HMGR, N-terminal domain / HMGR, N-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6HI / HMG-CoAレダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pavlovsky, A. / Sarver, R.W. / Harris, M.S. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Thermodynamic and structure guided design of statin based inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme a reductase.
著者: Sarver, R.W. / Bills, E. / Bolton, G. / Bratton, L.D. / Caspers, N.L. / Dunbar, J.B. / Harris, M.S. / Hutchings, R.H. / Kennedy, R.M. / Larsen, S.D. / Pavlovsky, A. / Pfefferkorn, J.A. / Bainbridge, G.
履歴
登録2008年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,9808
ポリマ－189,9184
非ポリマー2,0624
水11,620645
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25380 Å2
ΔGint-170.8 kcal/mol
Surface area54750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.681, 173.957, 76.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoAレダクターゼ / HMG-CoA reductase


分子量: 47479.551 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 441-875) / 変異: M485I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGCR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR
参照: UniProt: P04035, ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-6HI / (3R,5R)-7-{2-[(4-fluorobenzyl)carbamoyl]-4-(4-fluorophenyl)-1-(1-methylethyl)-1H-imidazol-5-yl}-3,5-dihydroxyheptanoic acid


分子量: 515.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31F2N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein 15-20 mg/ml, Ligand (saturated),PEG 4000, MgCl2 0.2M, Tris-HCL pH8 0.1M, 7-10 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.4 % / Av σ(I) over netI: 10.4 / 数: 279766 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 64140 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.175099.910.0290.9734.6
4.15.1710010.0371.2144.6
3.584.110010.0481.2124.5
3.263.5810010.0641.1174.5
3.023.2610010.0860.9974.5
2.853.0210010.1230.9594.5
2.72.8510010.1650.8864.4
2.592.79910.1930.8554.2
2.492.5993.610.2220.8254
2.42.4986.910.2520.8063.8
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 64140 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.493.80.25256690.80686.9
2.49-2.5940.22260850.82593.6
2.59-2.74.20.19364880.85599
2.7-2.854.40.16565530.886100
2.85-3.024.50.12364930.959100
3.02-3.264.50.08665450.997100
3.26-3.584.50.06465511.117100
3.58-4.14.50.04865421.212100
4.1-5.174.60.03765831.214100
5.17-504.60.02966310.97399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.087 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3290 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 64058 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4 Å20 Å21.36 Å2
2---1.99 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12282 0 148 645 13075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02112618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.98317057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.755327238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56451646
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.214024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.27679
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3831.58166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.734213054
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0334452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8524.54003
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 210
Rwork0.232 3873
all-4083

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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