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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c5c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Ras-like, family 12 protein in complex with GDP | ||||||
要素 | RAS-like protein 12 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ras / rasl12 / gdp / gtpase (GTPアーゼ) / Structural Genomics Consortium / SGC / limited proteolysis (タンパク質分解) / GTP-binding / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human Ras-like, family 12 protein in complex with GDP. 著者: Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c5c.cif.gz | 152.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c5c.ent.gz | 117.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2atvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21430.076 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 18-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASL12, RIS / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9NYN1 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 28% PEG 4000, 0.2 M Magnesium chloride. In situ proteolysis with 1:100 endoproteinase Glu-C V8, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 52667 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.501 / Net I/σ(I): 7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2ATV 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.186 / SU B: 3.89 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Programs coot, molprobity, ffas03, SCWRL have also been used in refinement
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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