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- PDB-3c23: Structure of a bacterial DNA damage sensor protein with non-react... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c23
タイトルStructure of a bacterial DNA damage sensor protein with non-reactive Ligand
要素DNA integrity scanning protein disA
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / : / adenylate cyclase activity / DNA修復 / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA integrity scanning linker region / DNA integrity scanning, DisA, linker region / DNA integrity scanning protein, DisA / DisA, linker domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller linker region / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix motif / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily ...DNA integrity scanning linker region / DNA integrity scanning, DisA, linker region / DNA integrity scanning protein, DisA / DisA, linker domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller linker region / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix motif / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / フェリチン / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA integrity scanning protein DisA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Witte, G. / Hartung, S. / Buttner, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural Biochemistry of a Bacterial Checkpoint Protein Reveals Diadenylate Cyclase Activity Regulated by DNA Recombination Intermediates
著者: Witte, G. / Hartung, S. / Buttner, K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA integrity scanning protein disA
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5104
ポリマ－85,5282
非ポリマー9822
水3,297183
1
A: DNA integrity scanning protein disA
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein disA
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein disA
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein disA
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,04116
ポリマ－342,1128
非ポリマー3,9298
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
2
A: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2552
ポリマ－42,7641
非ポリマー4911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DNA integrity scanning protein disA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2552
ポリマ－42,7641
非ポリマー4911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.090, 125.170, 166.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 DNA integrity scanning protein disA


分子量: 42763.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9WY43
#2: 化合物 ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 0.1M MES pH 6.75, 0.17M Ammoniumacetate, 35% MPD, 1.6mM Cordycepin(3'-deoxy-ATP), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.871 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 31941 / Num. obs: 31875 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル解像度: 2.51→2.66 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / Num. unique all: 87470 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C1Y

3c1y


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: random / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3192 9.9 %throughout
Rwork0.214 ---
obs-31874 98.8 %-
溶媒の処理Bsol: 38.974 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.424 Å20 Å20 Å2
2---4.12 Å20 Å2
3----7.304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5594 0 60 183 5837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1052
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2392.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION53at.param3at.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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