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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bv4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a rabbit muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase A dimer variant | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase A | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Acetylation (アセチル化) / Glycolysis (解糖系) / Phosphoprotein / Schiff base (シッフ塩基) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sherawat, M. / Tolan, D.R. / Allen, K.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Structure of a rabbit muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase A dimer variant. 著者: Sherawat, M. / Tolan, D.R. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bv4.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bv4.ent.gz | 63.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bv4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bv4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1aldS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37051.391 Da / 分子数: 1 / 変異: D128V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALDOA / プラスミド: pPB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-13P / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 2K monomethyl ether, 100 mM sodium acetate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. all: 41975 / Num. obs: 41975 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Χ2: 1.561 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 4177 / Rsym value: 7.3 / Χ2: 1.668 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: pdb entry 1ALD 解像度: 1.7→19.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1463854.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.636 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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