PDB-3bmv: Cyclodextrin glycosyl transferase from Thermoanerobacterium therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bmv

タイトル

Cyclodextrin glycosyl transferase from Thermoanerobacterium thermosulfurigenes EM1 mutant S77P

要素

Cyclomaltodextrin glucanotransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / glycosidase /

thermostable (耐熱性) / family 13 glycosyl hydrolas /

ligand (リガンド) / substrate /

acarbose (アカルボース) /

Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Metal-binding /

Secreted (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclomaltodextrin glucanotransferase /

cyclomaltodextrin glucanotransferase activity /

starch binding /

alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Elimination of competing hydrolysis and coupling side reactions of a cyclodextrin glucanotransferase by directed evolution.
著者: Kelly, R.M. / Leemhuis, H. / Rozeboom, H.J. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L.

履歴

登録	2007年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bmv.cif.gz	172.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bmv.ent.gz	132.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/3bmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/3bmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bmwC 1a47S 1ciu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ciu-d 2dij-d 1cxe-d 1cxf-d 3bmw-d 1uks-2 1v3m-2 4jcm-d 6cgt-d 1eo7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (13) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (8) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase

ヘテロ分子

76.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.625, 96.016, 114.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclomaltodextrin glucanotransferase / / Cyclodextrin-glycosyltransferase / CGTase 分子量: 75508.109 Da / 分子数: 1 / 変異: S77P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes (バクテリア) 株: EM1 / 遺伝子: amyA / プラスミド: PCSCGT-TT / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): DB104A 参照: UniProt: P26827, cyclomaltodextrin glucanotransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20% Ammonium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月23日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→49 Å / Num. all: 95798 / Num. obs: 95798 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 8663 / R_sym value: 0.221 / % possible all: 57.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0022	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1A47

1a47

解像度: 1.6→40.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.102 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1633	4793	5 %	RANDOM
R_work	0.14225	-	-	-
obs	0.14332	95798	89.36 %	-
all	-	95798	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5334	0	51	1022	6407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.058	1.928	7626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.892	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.386	24.639	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.384	15	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.974	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.064	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.36	1.5	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.633	2	5563
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.02	3	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.473	4.5	2053

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	165	-
R_work	0.154	3883	-
obs	-	-	51.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4134	0.0878	0.1775	0.6997	0.0694	0.1831	0.0266	0.0056	-0.0794	-0.0435	-0.0192	-0.0034	0.0843	0.0282	-0.0074	0.0593	-0.0035	-0.0073	0.022	0.0144	0.0658	50.1992	-6.6714	16.0804
2	0.8064	-0.3563	0.33	0.6935	-0.029	0.492	0.0711	0.0396	-0.0929	-0.1424	-0.0471	0.0753	0.0431	-0.0344	-0.024	0.0617	-0.01	-0.0218	0.0148	0.0057	0.036	36.0237	-1.8493	9.8071
3	0.6458	-0.3742	0.2801	0.7848	-0.1296	0.5606	0.0496	-0.0187	-0.0591	-0.0572	-0.0408	0.0417	0.0223	-0.0259	-0.0087	0.0384	-0.0084	-0.0044	0.0263	0.0036	0.0427	33.2942	9.2966	16.1209
4	1.6563	0.0143	-0.3638	0.163	-0.2358	0.6253	0.0451	0.0243	0.1596	0.0033	-0.0258	-0.0019	-0.0471	0.013	-0.0192	0.0353	-0.0052	-0.0023	0.0258	0.0032	0.0523	52.8766	20.9933	13.2877
5	0.4973	0.0692	0.0276	0.4008	-0.0024	0.534	0.0122	-0.0104	-0.0249	-0.0405	-0.0015	-0.037	0.019	0.048	-0.0107	0.0367	-0.0011	-0.0041	0.0322	0.0119	0.0527	60.3497	7.3186	16.5978
6	0.9427	0.0039	-0.172	0.0975	0.0276	0.4955	0.0015	-0.1257	0.0573	0.0124	0.0139	-0.021	-0.0308	0.0862	-0.0153	0.0314	-0.0127	-0.0112	0.0535	-0.002	0.0358	63.7817	18.5575	30.8012
7	2.5187	-0.3401	1.0556	0.8525	0.1207	1.9179	-0.1232	-0.2313	0.0964	0.0711	0.0718	-0.0128	-0.1467	-0.1041	0.0514	0.0186	0.0084	-0.0105	0.0631	-0.0344	0.0125	42.2593	21.354	39.4249
8	0.3763	-0.1826	0.141	0.7762	-0.2035	0.9819	0.0117	-0.0276	0.0501	-0.0248	-0.0181	0.0155	0.0097	0.0405	0.0064	0.0218	-0.0002	-0.0011	0.0465	-0.0005	0.0539	24.8537	28.3106	14.8668
9	1.1876	-0.629	0.0146	2.2254	-0.3095	1.8567	0.0068	-0.0555	0.1115	-0.0267	0.0165	-0.015	-0.1233	0.0274	-0.0233	0.0141	-0.0023	-0.0037	0.0542	-0.0187	0.0482	19.6291	31.0653	16.7811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 68	1 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	69 - 184	69 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	185 - 258	185 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	259 - 315	259 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	316 - 412	316 - 412
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	413 - 541	413 - 541
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	542 - 579	542 - 579
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	580 - 651	580 - 651
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	652 - 683	652 - 683

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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