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万見
- PDB-3b8e: Crystal structure of the sodium-potassium pump -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8e
タイトルCrystal structure of the sodium-potassium pump
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / Na+ / K+-ATPASE / P-TYPE ATPASE / CATION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / ATP-BINDING / CALCIUM TRANSPORT / ION TRANSPORT / MEMBRANE POTENTIAL / PHOSPHORYLATION / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Potassium / Potassium transport / Sodium / Sodium transport / Sodium/potassium transport / Transmembrane / Glycoprotein / Signal-anchor / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / membrane repolarization / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / membrane repolarization / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / regulation of sodium ion transport / proton transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transport / melanosome / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / apical plasma membrane / axon / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / : ...: / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / : / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / RUBIDIUM ION / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Morth, J.P. / Pedersen, P.B. / Toustrup-Jensen, M.S. / Soerensen, T.L.M. / Petersen, J. / Andersen, J.P. / Vilsen, B. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the sodium-potassium pump.
著者: Morth, J.P. / Pedersen, B.P. / Toustrup-Jensen, M.S. / Sorensen, T.L. / Petersen, J. / Andersen, J.P. / Vilsen, B. / Nissen, P.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
H: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,87818
ポリマ－237,5366
非ポリマー2,34212
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9399
ポリマ－118,7683
非ポリマー1,1716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
H: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9399
ポリマ－118,7683
非ポリマー1,1716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.930, 261.500, 334.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium pump subunit alpha-1 / Na+ / /K+ / ATPase alpha-1 subunit


分子量: 110320.734 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-1016 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質・ペプチド Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase beta-1 subunit / Sodium Pump


分子量: 5225.194 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-73 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GH

#3: タンパク質・ペプチド Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 3221.925 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-51 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Kidney / 参照: UniProt: Q58K79

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
#6: 化合物 ChemComp-MF4 / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / MAGNESIUMTETRAFLUORIDE


分子量: 100.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F4Mg
#7: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

非ポリマーの詳細THE AUTHORS ONLY SEE DENSITY FOR THE PHOSPHATIDYLCHOLINE LIPID HEAD GROUP AND THEY DO NOT HAVE ANY ...THE AUTHORS ONLY SEE DENSITY FOR THE PHOSPHATIDYLCHOLINE LIPID HEAD GROUP AND THEY DO NOT HAVE ANY EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR PC1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 2000mme, 0.2M Choline Chloride, 4% Glycerol, 4% MPD, 0.04M DTT, 0.1-04% beta-DDM, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.078, 1.073, 0.81
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0781
21.0731
30.811
反射解像度: 3.5→48 Å / Num. all: 77565 / Num. obs: 77431 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rsym value: 0.258 / Net I/σ(I): 11.24
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 6208 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.5→20 Å / Isotropic thermal model: GROUPED B-factors / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3129 1541 -RANDOM
Rwork0.2774 ---
all-77267 --
obs-76989 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.508 Å20 Å20 Å2
2--17.739 Å20 Å2
3----21.247 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.1 Å1.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16676 0 42 0 16718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008002
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51826
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.086
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.642
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED NCS ON DOMAINS: A(resid 19:80 and 154:274 and 344:382 and 592:765), A(383:591), A(91:153), A(275:343 and 2003:2005), A(766:1016 and B and G)
Rms dev Biso : 3 Å2 / Weight position: 500
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.54 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.385 39
Rwork0.4291 -
obs-2279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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