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万見
- PDB-3aqc: M. luteus B-P 26 heterodimeric hexaprenyl diphosphate synthase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aqc
タイトルM. luteus B-P 26 heterodimeric hexaprenyl diphosphate synthase in complex with magnesium and FPP analogue
要素
  • Component A of hexaprenyl diphosphate synthase
  • Component B of hexaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


hexaprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / hexaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) activity / menaquinone biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1450 / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1450 / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2DE / Hexaprenyl-diphosphate synthase small subunit ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) / Hexaprenyl-diphosphate synthase large subunit ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Sasaki, D. / Fujihashi, M. / Okuyama, N. / Kobayashi, Y. / Noike, M. / Koyama, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of heterodimeric hexaprenyl diphosphate synthase from Micrococcus luteus B-P 26 reveals that the small subunit is directly involved in the product chain length regulation.
著者: Sasaki, D. / Fujihashi, M. / Okuyama, N. / Kobayashi, Y. / Noike, M. / Koyama, T. / Miki, K.
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Component A of hexaprenyl diphosphate synthase
B: Component B of hexaprenyl diphosphate synthase
C: Component A of hexaprenyl diphosphate synthase
D: Component B of hexaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,77213
ポリマ－108,8544
非ポリマー9189
水1,24369
1
A: Component A of hexaprenyl diphosphate synthase
B: Component B of hexaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8686
ポリマ－54,4272
非ポリマー4414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
C: Component A of hexaprenyl diphosphate synthase
D: Component B of hexaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9047
ポリマ－54,4272
非ポリマー4775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.803, 189.803, 189.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Component A of hexaprenyl diphosphate synthase / Hexaprenyl diphosphate synthase small subunit


分子量: 17293.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス)
株: B-P 26 / 遺伝子: hexs-a / プラスミド: pET-32 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O66127, EC: 2.5.1.33
#2: タンパク質 Component B of hexaprenyl diphosphate synthase / Hexaprenyl diphosphate synthase large subunit


分子量: 37133.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micrococcus luteus (マイクロコッカス・ルテウス)
株: B-P 26 / 遺伝子: hexs-b / プラスミド: pET-30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O66129, EC: 2.5.1.33

-
非ポリマー , 4種, 78分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-2DE / (2E,6E)-7,11-dimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-[(2E,6E)-7,11-ジメチル-2,6,10-ドデカトリエニル]


分子量: 368.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O7P2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.08M Tris-HCl (pH 8.5), 0.16M Magnesium chloride hexahydrate, 24% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→133.63 Å / Num. obs: 34831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.9 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0066位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.944 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28152 1744 5 %RANDOM
Rwork0.23823 ---
obs0.24039 32915 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.323 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7435 0 53 69 7557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0227619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6761.9610283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6285912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0924.415376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.536151395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6461542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2961.54566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.54927404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56533053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9854.52879
LS精密化 シェル解像度: 2.606→2.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 135 -
Rwork0.307 2431 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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