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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3amy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CK2 alpha complexed with apigenin | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alphaカゼインキナーゼ2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sekiguchi, Y. / Nakaniwa, T. / Kinoshita, T. / Tada, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human CK2 alpha complexed with apigenin 著者: Asada, N. / Kitaura, K. / Sekiguchi, Y. / Nakaniwa, T. / Kinoshita, T. / Tada, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3amy.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3amy.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3amy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/3amy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/3amy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zjwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40478.191 Da / 分子数: 1 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX 6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AGI / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.697481 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.53969 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.18 Å / Num. obs: 12614 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 85536 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2zjw 解像度: 2.3→23.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 11.688 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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