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- PDB-3abt: Crystal Structure of LSD1 in complex with trans-2-pentafluorophen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abt
タイトルCrystal Structure of LSD1 in complex with trans-2-pentafluorophenylcyclopropylamine
要素Lysine-specific histone demethylase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Amine Oxidase / Histone demethylase / Tower domain (塔) / H3K4 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Chromatin regulator / Developmental protein (ヒトの発達) / FAD / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Repressor (リプレッサー) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation ...guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / neuron maturation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / promoter-specific chromatin binding / HDACs deacetylate histones / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / cellular response to UV / regulation of protein localization / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2PF / Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mimasu, S. / Umezawa, N. / Sato, S. / Higuchi, T. / Umehara, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structurally Designed trans-2-Phenylcyclopropylamine Derivatives Potently Inhibit Histone Demethylase LSD1/KDM1
著者: Mimasu, S. / Umezawa, N. / Sato, S. / Higuchi, T. / Umehara, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6622
ポリマ－73,6521
非ポリマー1,0101
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.840, 183.840, 109.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1 / LSD1 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / BRAF35-HDAC complex protein BHC110


分子量: 73652.242 Da / 分子数: 1
断片: amine oxidase (flavin containing) domain 2, residues 172-833
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Kazusa DNA KIAA 0601 / プラスミド: pGEX-6P-Hs / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: O60341
#2: 化合物 ChemComp-2PF / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-3-(pentafluorophenyl)-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate


分子量: 1009.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H38F5N9O16P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3-10% PEG 2000 Monomethyl ether, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M magnesium chloride, 0.1M cacodylate, 5mM Tranylcypromine-derivative, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL26B221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年4月15日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2008年12月3日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1nativeSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2nativeSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 18396 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.226 / Net I/σ(I): 9.77 / Num. measured all: 177168
反射 シェル解像度: 3.21→3.34 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 2820 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DW4

2dw4


解像度: 3.2→47.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 3724656.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 893 4.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 18396 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.9251 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.78 Å20 Å20 Å2
2--9.78 Å20 Å2
3----19.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5049 0 68 0 5117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.862.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 150 5.1 %
Rwork0.332 2820 -
obs-2820 99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2drgmsoxflu3.paramdrgmsoxflu3.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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