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- PDB-3a8n: Crystal structure of the Tiam1 PHCCEx domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8n
タイトルCrystal structure of the Tiam1 PHCCEx domain
要素T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / Guanine-nucleotide releasing factor / Lipoprotein (リポタンパク質) / Myristate (ミリスチン酸) / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Schwann cell chemotaxis / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / RAC3 GTPase cycle / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / regulation of dopaminergic neuron differentiation / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling ...positive regulation of Schwann cell chemotaxis / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / RAC3 GTPase cycle / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / regulation of dopaminergic neuron differentiation / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / extrinsic component of postsynaptic density membrane / RAC1 GTPase cycle / kinocilium / G alpha (12/13) signalling events / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / cell-cell contact zone / protein localization to membrane / cardiac muscle hypertrophy / activation of GTPase activity / regulation of postsynapse organization / main axon / neuron projection extension / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / Rac protein signal transduction / 中心体マトリックス / ephrin receptor signaling pathway / axonal growth cone / somatodendritic compartment / ephrin receptor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phospholipid binding / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / kinase binding / cell-cell junction / 遊走 / microtubule binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / positive regulation of cell migration / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily ...TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Terawaki, S. / Kitano, K. / Mori, T. / Zhai, Y. / Higuchi, Y. / Itoh, N. / Watanabe, T. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: The PHCCEx domain of Tiam1/2 is a novel protein- and membrane-binding module
著者: Terawaki, S. / Kitano, K. / Mori, T. / Zhai, Y. / Higuchi, Y. / Itoh, N. / Watanabe, T. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6241
ポリマ－31,6241
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.470, 113.470, 113.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 / TIAM-1


分子量: 31623.584 Da / 分子数: 1 / 断片: PHCCEx domain, residues 429-702 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tiam1, Tiam-1 / プラスミド: pGEX6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21RIL / 参照: UniProt: Q60610

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 4% Jeffamine M-600, 10mM Ferric chloride, 1.5% Glycerol, 100mM Sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 2824 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.9 %
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A8P

3a8p


解像度: 4.5→49.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Data cutoff high absF: 3875577.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.396 262 9.3 %RANDOM
Rwork0.306 ---
obs0.306 2814 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 317.861 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--35.35 Å20 Å20 Å2
2---35.35 Å20 Å2
3---70.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.76 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1142 0 0 0 1142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 46 10.5 %
Rwork0.363 391 -
obs--96.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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