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万見
- PDB-3a4o: Lyn kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4o
タイトルLyn kinase domain
要素Tyrosine-protein kinase Lyn
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Src family / kinase domain (キナーゼ) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Host-virus interaction / Kinase (キナーゼ) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Myristate (ミリスチン酸) / Nucleotide-binding / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / positive regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway ...C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / positive regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / tolerance induction to self antigen / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / integrin alpha2-beta1 complex / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of mast cell proliferation / glycosphingolipid binding / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / platelet degranulation / regulation of mast cell degranulation / dendritic cell differentiation / : / regulation of platelet aggregation / regulation of B cell apoptotic process / oligodendrocyte development / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / histamine secretion by mast cell / Signaling by Erythropoietin / Platelet Adhesion to exposed collagen / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / interleukin-5-mediated signaling pathway / CD28 co-stimulation / negative regulation of immune response / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / CD22 mediated BCR regulation / gamma-tubulin binding / response to carbohydrate / platelet-derived growth factor receptor binding / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / EPH-Ephrin signaling / toll-like receptor 4 signaling pathway / Regulation of KIT signaling / postsynaptic specialization, intracellular component / CTLA4 inhibitory signaling / leukocyte migration / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / EPHA-mediated growth cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Dectin-2 family / negative regulation of B cell proliferation / mitochondrial crista / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / regulation of cell adhesion mediated by integrin / B cell homeostasis / FCGR activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / response to axon injury / ephrin receptor signaling pathway / response to amino acid / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / hematopoietic progenitor cell differentiation / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / cellular response to retinoic acid / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of cytokine production / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / T cell costimulation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / CD209 (DC-SIGN) signaling / ephrin receptor binding / response to hormone / FCERI mediated Ca+2 mobilization / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / 赤血球形成 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of MAP kinase activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / phosphoprotein binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スタウロスポリン / Tyrosine-protein kinase Lyn
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Miyano, N. / Kinoshita, T. / Tada, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the inhibitor recognition of human Lyn kinase domain
著者: Miyano, N. / Kinoshita, T. / Nakai, R. / Kirii, Y. / Yokota, K. / Tada, T.
履歴
登録2009年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Tyrosine-protein kinase Lyn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4612
ポリマ－32,9951
非ポリマー4671
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.382, 128.382, 54.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量: 32994.816 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 233-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07948, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 6212 / Num. obs: 5892
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DQ7

2dq7


解像度: 3→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.324 -
Rwork0.293 -
all-6212
obs-5892
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 35 0 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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