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- PDB-2zry: Crystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zry
タイトルCrystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced FMN and IPP.
要素Isopentenyl-diphosphate delta-isomeraseIsopentenyl-diphosphate delta isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / type 2 / IDI / FMN / reduced form / IPP / isopentenyl diphosphate isomerase / Flavoprotein (フラボタンパク質) / Isoprene biosynthesis / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, FMN-dependent / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus shibatae (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Unno, H. / Yamashita, S. / Ikeda, Y. / Sekiguchi, S. / Yoshida, N. / Yoshimura, T. / Kusunoki, M. / Nakayama, T. / Nishino, T. / Hemmi, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
著者: Unno, H. / Yamashita, S. / Ikeda, Y. / Sekiguchi, S.Y. / Yoshida, N. / Yoshimura, T. / Kusunoki, M. / Nakayama, T. / Nishino, T. / Hemmi, H.
履歴
登録2008年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
C: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
D: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,81816
ポリマ－161,9034
非ポリマー2,91512
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18030 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area45000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.359, 100.359, 334.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGAA3 - 3653 - 365
21ASPASPARGARGBB3 - 3653 - 365
31ASPASPARGARGCC3 - 3653 - 365
41ASPASPARGARGDD3 - 3653 - 365
12FNRFNRFNRFNRAE669
22FNRFNRFNRFNRBH669
32FNRFNRFNRFNRCK669
42FNRFNRFNRFNRDN669
13IPEIPEIPEIPEAF701
23IPEIPEIPEIPEBI701
33IPEIPEIPEIPECL701
43IPEIPEIPEIPEDO701

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase / Isopentenyl-diphosphate delta isomerase / type 2 isopentenyl diphosphate isomerase / IPP isomerase / Isopentenyl pyrophosphate isomerase


分子量: 40475.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: fni, idi / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61615, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 400, 0.2M sodium citrate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0000, 1.13980, 1.14022, 1.04000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.13981
31.140221
41.041
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 48278 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.64→2.74 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 68.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.64→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.606 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22254 2450 5.1 %RANDOM
Rwork0.18271 ---
obs0.18474 45809 93.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11232 0 184 404 11820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.98915660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82751452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1724.569464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.511152128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9011564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.26168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3240.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3580.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.57391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.187211584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8734723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1384.54076
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2799tight positional0.050.05
12B2799tight positional0.050.05
13C2799tight positional0.060.05
14D2799tight positional0.050.05
21A31tight positional0.040.05
22B31tight positional0.040.05
23C31tight positional0.030.05
24D31tight positional0.040.05
31A14tight positional0.020.05
32B14tight positional0.040.05
33C14tight positional0.030.05
34D14tight positional0.040.05
11A2799tight thermal0.090.5
12B2799tight thermal0.090.5
13C2799tight thermal0.090.5
14D2799tight thermal0.090.5
21A31tight thermal0.090.5
22B31tight thermal0.120.5
23C31tight thermal0.10.5
24D31tight thermal0.140.5
31A14tight thermal0.090.5
32B14tight thermal0.110.5
33C14tight thermal0.090.5
34D14tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.637→2.705 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 123 -
Rwork0.245 2207 -
obs--62.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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