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万見
- PDB-2zjq: Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zjq
タイトルInteraction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • ribosomal 23S RNA
  • ribosomal 5S RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosomal subunit (リボソーム) / 50S / thiopeptide antibiotics / complex / translational regulation / L11 / molecular switch / L7 / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / tRNA-binding / Methylation (メチル化) / Metal-binding / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 ...Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Beta Complex / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / 50S ribosomal protein L7/L12 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Harms, J.M. / Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Connell, S.R. / Stachelhaus, T. / Zaborowska, Z. / Spahn, C.M.T. / Fucini, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
著者: Harms, J.M. / Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Connell, S.R. / Stachelhaus, T. / Zaborowska, Z. / Spahn, C.M. / Fucini, P.
履歴
登録2008年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Refinement description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: ribosomal 23S RNA
Y: ribosomal 5S RNA
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
F: 50S ribosomal protein L11
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
5: 50S ribosomal protein L7/L12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,376,75231
ポリマ－1,376,75231
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.900, 408.900, 694.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 ribosomal 23S RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#2: RNA鎖 ribosomal 5S RNA


分子量: 39276.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWZ12345

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29976.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22477.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK2
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20379.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19613.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14889.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 19223.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXY1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ2
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16894.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK9
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16257.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 12926.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSJ5
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12163.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL2
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 18347.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RWB4
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY64
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10539.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 12384.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 25415.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RX88
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY65
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 8982.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RRG8
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7774.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ4
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL0
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6374.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS4
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSH2
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7448.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW6
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4322.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK0
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12 / リボソーム / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12642.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RST0

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THE CHAIN X (RRNA-23S) MATCHES TO RESIDUES 2587937 - 2590816 IN GENEBANK WITH ...THE SEQUENCE OF THE CHAIN X (RRNA-23S) MATCHES TO RESIDUES 2587937 - 2590816 IN GENEBANK WITH ACCESSION 11612676. THE SEQUENCE OF THE CHAIN Y (RRNA-5S) MATCHES TO RESIDUES 254392 - 254514 IN GENEBANK WITH ACCESSION 11612676.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.92 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97
シンクロトロンSLS X06SA21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年12月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
211
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 360502 / Num. obs: 352577 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZJR

2zjr


解像度: 3.3→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3386 --
obs0.3016 352577 97.8 %
all-360508 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24146 60249 0 0 84395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010592
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54328
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / % reflection obs: 89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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