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- PDB-3dll: The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dll
タイトルThe oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • rRNA-23S ribosomal RNA
  • rRNA-5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Antibiotic / oxazolidinone / Linezolid / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / tRNA-binding / Methylation / Metal-binding / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 ...Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Beta Complex / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZLD / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 ...Chem-ZLD / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Starosta, A.L. / Connell, S.R. / Fucini, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning
著者: Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Starosta, A.L. / Connell, S.R. / Fucini, P.
履歴
登録2008年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12009年2月24日Group: Version format compliance
改定 1.22015年6月17日Group: Version format compliance
改定 1.32015年7月8日Group: Other
改定 1.42015年7月22日Group: Non-polymer description / Other
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: rRNA-23S ribosomal RNA
Z: rRNA-5S ribosomal RNA
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
F: 50S ribosomal protein L11
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Y: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,365,75768
ポリマ－1,364,43930
非ポリマー1,31938
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.700, 410.000, 695.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XZ

#1: RNA鎖 rRNA-23S ribosomal RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#2: RNA鎖 rRNA-5S ribosomal RNA


分子量: 39605.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWY1234

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29976.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22477.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK2
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20379.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19613.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14889.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 19223.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXY1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ2
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16894.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK9
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16257.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 12926.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSJ5
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12163.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL2
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 18347.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RWB4
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY64
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / General stress protein CTC


分子量: 10539.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12384.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 25415.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RX88
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY65
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8982.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RRG8
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7774.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ4
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL0
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6374.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS4
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSH2
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7448.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW6
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4322.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK0

-
非ポリマー , 3種, 38分子

#31: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#32: 化合物 ChemComp-ZLD / N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide / Linezolid / リネゾリド


分子量: 337.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20FN3O4 / コメント: 抗生剤*YM
#33: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE STRUCTURE (CHAIN 1,2,3) CONTAINS CA ATOMS ONLY. THE SEQUENCE OF THE CHAIN X (RRNA-23S) MATCHES ...THE STRUCTURE (CHAIN 1,2,3) CONTAINS CA ATOMS ONLY. THE SEQUENCE OF THE CHAIN X (RRNA-23S) MATCHES TO RESIDUES 2585058 - 2587937 IN GENEBANK WITH ACCESSION 11612676. THE SEQUENCE OF THE CHAIN Z (RRNA-5S) MATCHES TO RESIDUES 254392 - 254514 IN GENEBANK WITH ACCESSION 11612676.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2NH4Cl11
3KCl11
4HEPES11
5MgCl212
6NH4Cl12
7KCl12
8HEPES12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 272947 / % possible obs: 90.5 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 45746 / Rsym value: 0.455 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZJR

2zjr


解像度: 3.5→29.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 285580360.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 13534 5 %RANDOM
Rwork0.259 ---
obs0.259 272947 90.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å20 Å20 Å2
2--5.85 Å20 Å2
3----2.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.45 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23347 60249 61 0 83657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 2352 4.9 %
Rwork0.309 45746 -
obs--80.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5lnz.paramlnz.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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