[日本語] English
万見
- PDB-2zit: Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zit
タイトルStructure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex
要素
  • Elongation factor 2EEF2
  • Exotoxin APseudomonas exotoxin
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/TRANSFERASE (生合成) / elongation factor / toxin (毒素) / ADP-ribosylation (ADPリボース化) / toxin-substrate complex / Cytoplasm (細胞質) / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / RNA-binding / rRNA-binding / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / NAD / Transferase (転移酵素) / BIOSYNTHETIC PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / nucleotidyltransferase activity ...NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / nucleotidyltransferase activity / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding / toxin activity / protein-folding chaperone binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Yeast translation eEF2 (G' domain) / Yeast translation eEF2 (G' domain) / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 ...Yeast translation eEF2 (G' domain) / Yeast translation eEF2 (G' domain) / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Translation factors / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Exotoxin A / Elongation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: The nature and character of the transition state for the ADP-ribosyltransferase reaction.
著者: Jorgensen, R. / Wang, Y. / Visschedyk, D. / Merrill, A.R.
履歴
登録2008年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 2
B: Exotoxin A
C: Elongation factor 2
D: Exotoxin A
E: Elongation factor 2
F: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,9529
ポリマ－347,9626
非ポリマー1,9903
水0
1
A: Elongation factor 2
B: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6513
ポリマ－115,9872
非ポリマー6631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Elongation factor 2
D: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6513
ポリマ－115,9872
非ポリマー6631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Elongation factor 2
F: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6513
ポリマ－115,9872
非ポリマー6631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)326.920, 69.241, 190.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Elongation factor 2 / EEF2 / EF-2 / Translation elongation factor 2 / Eukaryotic elongation factor 2 / eEF2 / Ribosomal translocase


分子量: 93549.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32324
#2: タンパク質 Exotoxin A / Pseudomonas exotoxin / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase


分子量: 22437.975 Da / 分子数: 3 / Fragment: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ToxA / プラスミド: pPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bb101
参照: UniProt: P11439, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
配列の詳細THIS SEQUENCE IS BASED ON UNIPROT DATABASE, P11439, REF. 1.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月24日
詳細: White beam slits, cryo-cooled first and sagittally bent second crystal of double crystal monochromator (DCM), vertically focusing mirror (VFM)
放射モノクロメーター: White beam slits, cryo-cooled first and sagittally bent second crystal of double crystal monochromator (DCM), vertically focusing mirror (VFM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 85409 / Num. obs: 84042 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 1.317 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 7292 / Χ2: 0.823 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: eEF2-ExoA(E546H)-NAD+

解像度: 3→19.899 Å / FOM work R set: 0.777 / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
詳細: When refining TLS, the output PDB file always has the ANISOU records for the atoms involved in TLS groups. The anisotropic B-factor in ANISOU records is the total B-factor (B_tls + B_ ...詳細: When refining TLS, the output PDB file always has the ANISOU records for the atoms involved in TLS groups. The anisotropic B-factor in ANISOU records is the total B-factor (B_tls + B_individual). The isotropic equivalent B-factor in ATOM records is the mean of the trace of the ANISOU matrix divided by 10000 and multiplied by 8*pi^2 and represents the isotropic equivalent of the total B-factor (B_tls + B_individual). To obtain the individual B-factors, one needs to compute the TLS component (B_tls) using the TLS records in the PDB file header and then subtract it from the total B-factors (on the ANISOU records).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1662 2.02 %Test set chosen from eEF2-ExoA(E546H)-NAD+
Rwork0.22 ---
all0.22 83683 --
obs0.22 82428 98.5 %-
溶媒の処理Bsol: 23.395 Å2 / ksol: 0.257 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 458.74 Å2 / Biso mean: 95.47 Å2 / Biso min: 3.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.702 Å20 Å26.592 Å2
2--15.735 Å20 Å2
3----6.866 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23989 0 132 0 24121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.561
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1231
LS精密化 シェル解像度: 3→3.09 Å / Total num. of bins used: 162
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 135 -
Rwork0.298 421 -
obs-5928 88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04390.07110.55880.7446-0.23210.35010.1057-0.37060.1355-0.0460.0654-0.0958-0.1941-0.6598-0.14690.67250.07410.16491.17040.26210.4554-25.550520.001832.3274
2-0.05970.00080.31290.3433-0.34031.10140.07390.1384-0.32180.05740.20630.03230.023-0.4093-0.07330.3582-0.05370.22760.67840.3692-0.0995-16.879610.496520.0614
30.2344-0.06170.18850.5194-0.75560.2085-0.13860.1559-0.06060.08550.31080.15580.1021-0.1591-0.09720.46750.0350.11820.83720.09460.2395-14.131328.20293.3948
40.90840.2092-0.34341.1206-1.19281.2241-0.0658-0.20760.02380.39090.60080.4128-0.5256-0.8271-0.49120.5743-0.00220.2081.20320.220.2907-28.91329.846838.1028
50.7923-0.3675-0.08131.5249-0.81951.1623-0.0160.09360.30910.3180.1633-0.19070.0587-0.5942-0.10570.67540.0440.14930.66830.01880.3473-16.21531.958151.9981
60.1181-0.57030.07340.74010.07381.1480.1042-0.0280.0568-0.17540.0194-0.1535-0.4453-0.0349-0.06870.2655-0.1758-0.02930.09630.02660.0934-8.6528-11.438161.7736
70.6693-0.09180.1470.369-0.42091.4529-0.4412-0.44830.09430.78590.88170.4778-0.2395-0.98470.0331-0.7857-0.6607-0.4296-0.2812-0.1994-0.1007-15.5072-19.578173.2621
81.173-0.3318-0.23451.5105-0.9421-0.21360.12890.68660.0152-0.79050.02220.00870.38760.3096-0.10830.5384-0.0870.07050.38510.0860.0955-4.9898-17.071844.0496
91.72330.22250.61280.62870.01740.199-0.07830.69270.2833-0.0073-0.0403-0.153-0.18940.31530.14350.0986-0.1268-0.01620.1646-0.02540.169818.5904-2.13181.7349
100.61540.35070.7310.40880.18011.55990.1341-0.3260.35150.01220.02110.14190.1157-0.63660.03260.1199-0.09580.02340.2274-0.08990.2753.249-7.065890.5341
11-0.0295-0.5188-0.0090.08540.48680.8124-0.0910.0366-0.26230.15310.05740.26870.3934-0.2070.11690.1589-0.09170.03920.08490.00460.216813.7338-9.599598.1735
120.781-0.34020.30970.45280.33880.4875-0.19180.0482-0.63760.15350.13830.12720.32660.1773-0.08620.0566-0.12340.01150.0186-0.15820.36517.5649-16.373786.797
130.073-0.03780.15150.8863-0.60760.86870.153-0.01330.24-0.226-0.2464-0.125-0.36570.33030.04850.6105-0.2240.14870.49630.10710.360425.812653.777228.0154
140.4268-0.02320.89510.1723-0.05520.42230.01580.63690.0865-0.0641-0.0981-0.1711-0.08180.67740.0860.4773-0.05660.08020.84940.17240.050931.254641.051916.9076
150.3583-0.010.91550.3549-0.28790.4294-0.27280.65070.2677-0.23180.14820.02320.31430.72640.14190.9671-0.27540.09331.30220.36510.42132.245654.0484-3.7386
161.390.2963-0.15650.4286-0.07370.1055-0.1109-0.17690.1175-0.0980.06270.0922-0.12660.11640.04010.3598-0.1680.04070.54660.02150.216822.53345.563436.1331
171.7751-1.03290.68270.6575-0.22620.20770.043-0.32730.19170.0696-0.1071-0.2610.4522-0.22870.09750.4127-0.19680.12280.6676-0.04190.30436.646538.207650.6777
180.50350.1284-0.56490.8325-0.68221.24290.02590.28780.413-0.02810.40660.091-0.019-0.3604-0.15830.0961-0.1698-0.06290.12350.34140.265844.412223.332260.6344
190.64760.3834-0.28040.442-0.25010.52-0.3054-0.07310.65090.15810.41150.1772-0.1492-0.4853-0.1045-0.3662-0.5581-0.0486-0.33890.17440.294338.388615.88573.6756
201.3137-0.25140.1611.8421-0.1115-1.9023-0.2230.91580.0102-1.13770.2087-0.0610.51020.10970.06010.7573-0.3902-0.0710.84820.2760.167645.202816.467243.5591
212.07160.4365-0.08160.9014-0.20450.30160.09670.62210.4032-0.0643-0.0606-0.2504-0.36710.12070.00890.0754-0.0998-0.0030.0067-0.05290.174972.925432.870180.7621
220.00640.17870.0337-0.0451-0.80750.93940.1479-0.3002-0.23860.09890.31710.666-0.2677-0.4636-0.16810.1711-0.0544-0.062-0.16790.03760.375257.470928.2789.4644
230.2205-0.1026-0.16761.40140.13840.1013-0.41790.0300.30560.35890.10210.1171-0.31130.14250.0889-0.14870.0664-0.4830.14240.24467.843425.644897.2652
240.3204-0.24260.08020.3885-0.01420.3763-0.0769-0.1042-0.2045-0.01750.24810.16490.23280.1711-0.14750.1213-0.0592-0.02850.0031-0.12860.433871.515418.687785.9182
253.0257-0.3574-0.17891.0125-0.16420.92190.3313-0.25290.306-0.634-0.6718-0.7549-0.01270.00250.17581.29140.42010.60581.55370.53711.5328-80.964-14.256631.9703
260.08840.08090.2630.3513-1.02090.8320.1050.33990.2911-0.38050.2238-0.21290.124-0.0674-0.23032.00680.42580.55121.6140.40440.9773-72.3696-23.820719.693
270.1624-0.0168-0.49230.4253-0.23410.7598-0.50330.06560.06450.28520.37240.17790.42830.13010.08471.9628-0.05760.0881.98250.22571.5511-69.0682-6.08423.3231
280.51190.17810.20951.1503-1.02110.63680.0530.08250.2653-0.30670.42860.09040.024-0.4367-0.27951.25890.24630.241.64740.0811.1395-84.2363-24.128838.1271
291.0402-0.4928-0.11721.4982-0.631.10760.44120.06180.3099-0.4549-0.464-0.53220.1215-0.40310.090.98450.08090.16411.23280.11740.9589-71.3446-32.341851.2265
300.6088-0.71680.35270.6033-0.44140.39890.13010.26180.5393-0.1168-0.3232-0.2198-0.1169-0.08740.00970.238-0.0284-0.01940.21860.30150.3595-63.9089-46.005360.6597
310.55870.24810.13650.2840.0790.06980.0056-0.07980.5046-0.1078-0.08820.05990.0435-0.129-0.08680.0454-0.11-0.07770.05190.12810.2054-70.3228-53.780972.5393
321.0352-0.0539-0.92961.6081-0.8695-0.570.02961.10910.2243-1.2865-0.063-0.36470.536-0.2544-0.04150.99120.20550.23661.08670.32730.1678-62.3555-53.080442.6581
331.101-0.1960.39110.564-0.01980.4768-0.2070.60640.6556-0.20010.1245-0.2714-0.1450.45570.05390.0421-0.1723-0.02360.23960.00250.1122-35.5975-37.30380.6954
340.49940.28461.16670.41630.00131.82330.0641-0.1180.0778-0.13950.19550.0535-0.0719-0.5493-0.24370.0807-0.03280.01590.14430.04530.3583-51.2105-41.602488.9895
351.2871-0.0929-0.37361.63090.36520.9768-0.26870.1496-0.02680.19830.43330.34070.1812-0.0666-0.03460.0747-0.00130.05040.09070.03410.1694-41.2527-44.427397.0844
360.32240.4791-0.3420.7571.01481.7552-0.14770.0769-0.1130.16350.0730.21580.46070.18820.0780.18590.06880.00170.17940.0110.316-37.2605-51.4485.8794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A resid 2:88A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A resid 89:227A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain A resid 228:310A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain A resid 311:453A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain A resid 454:517A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain A resid 518:612A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain A resid 613:723A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain A resid 724:842A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain B resid 399:455B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain B resid 456:493B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain B resid 494:575B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain B resid 576:605B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain C resid 2:88C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain C resid 89:227C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain C resid 228:310C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain C resid 311:453C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain C resid 454:517C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain C resid 518:612C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain C resid 613:723C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain C resid 724:842C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain D resid 399:455D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain D resid 456:493D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain D resid 494:575D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain D resid 576:605D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain E resid 2:88E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain E resid 89:227E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain E resid 228:310E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain E resid 311:453E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain E resid 454:517E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain E resid 518:612E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain E resid 613:723E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain E resid 724:842E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain F resid 399:455F0
34X-RAY DIFFRACTION34chain F resid 456:493F0
35X-RAY DIFFRACTION35chain F resid 494:575F0
36X-RAY DIFFRACTION36chain F resid 576:605F0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る