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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zca | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of TTHB189, a CRISPR-associated protein, Cse2 family from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein TTHB189 | ||||||
キーワード | Structural Genomics / UNKNOWN FUNCTION / CRISPR / Cse2 / Thermus thermophilus / Plasmid / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | CRISPR-associated protein Cse2 / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / Peroxidase; domain 1 / defense response to virus / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein Cse2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Agari, Y. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: X-ray crystal structure of a CRISPR-associated protein, Cse2, from Thermus thermophilus HB8 著者: Agari, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zca.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zca.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2zca_validation.pdf.gz | 422.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2zca_full_validation.pdf.gz | 424 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2zca_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2zca_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zca | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19529.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53VY0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 30% PEG 600, 5% PEG 1000, 0.1M Sodium Cacodylate, 10% Glycerol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97897 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日 詳細: two dimensional focusing mirror which is coated in rhodium. |
放射 | モノクロメーター: A fixed exit Si double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97897 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 32767 / Num. obs: 32767 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 3255 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 95562.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.216 Å2 / ksol: 0.370733 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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