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- PDB-2zai: Crystal structure of the soluble domain of STT3 from P. furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zai
タイトルCrystal structure of the soluble domain of STT3 from P. furiosus
要素Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Multi-domain proteins (alpha and beta) (タンパク質ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein glycosylation / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Rossmann fold - #12610 ...: / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Rossmann fold - #12610 / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Lipocalin / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maita, N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structure-guided identification of a new catalytic motif of oligosaccharyltransferase
著者: Igura, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Yamada, M. / Obita, T. / Maenaka, K. / Kohda, D.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,20712
ポリマ－223,9044
非ポリマー3028
水61334
1
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0523
ポリマ－55,9761
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0523
ポリマ－55,9761
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0523
ポリマ－55,9761
非ポリマー762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0523
ポリマ－55,9761
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1036
ポリマ－111,9522
非ポリマー1514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
手法PISA
6
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1036
ポリマ－111,9522
非ポリマー1514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.935, 265.297, 74.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein


分子量: 55976.117 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble domain, UNP residues 471-967 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: DSM 3638 / 遺伝子: PF0156 / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U4D2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 22% PEG 4000, 0.3M NaCOOH, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.96419 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 75298 / Num. obs: 75226 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 57.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7371 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZAG

2zag


解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 3805 -RANDOM
Rwork0.2271 ---
all-74943 --
obs-74896 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.402 Å20 Å20 Å2
2---3.015 Å20 Å2
3---15.416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14963 0 8 34 15005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3874
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.695
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.80558
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3971 381 -
Rwork0.3515 --
obs-7346 99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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