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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z3p | ||||||
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タイトル | complex structure of LF-transferase and leucine | ||||||
要素 | Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / LF-transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine/arginine leucyltransferase / leucyl-tRNA--protein transferase activity / aminoacyltransferase activity / protein catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Watanabe, K. / Toh, Y. / Tomita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase 著者: Watanabe, K. / Toh, Y. / Suto, K. / Shimizu, Y. / Oka, N. / Wada, T. / Tomita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z3p.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z3p.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z3p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26520.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Aat / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8P1, lysine/arginine leucyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM HEPES-Na, 0.7M tri-sodium tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21192 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 55.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / Num. unique all: 2005 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DPS 解像度: 2.5→28.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1193407.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.418 Å2 / ksol: 0.358834 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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