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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z1y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LysN, alpha-aminoadipate aminotransferase (complexed with N-(5'-phosphopyridoxyl)-L-leucine), from Thermus thermophilus HB27 | ||||||
要素 | Alpha-aminodipate aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / alpha-aminoadipate aminotransferase / thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / substrate specifity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Tomita, T. / Miyazaki, T. / Miyagawa, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mechanism of broad substrate specificity of alpha-aminoadipate aminotransferase from Thermus thermophilus 著者: Tomita, T. / Miyazaki, T. / Miyagawa, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. #1: ジャーナル: Microbiology / 年: 2004 タイトル: alpha-Aminoadipate aminotransferase from an extremely thermophilic bacterium, Thermus thermophilus 著者: Miyazaki, T. / Miyazaki, J. / Yamane, H. / Nishiyama, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z1y.cif.gz | 157.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z1y.ent.gz | 125.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2dtv S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43899.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / 遺伝子: lysN / プラスミド: pET-LysN7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon-plus(DE3) / 参照: UniProt: Q72LL6, 2-aminoadipate transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 81957 / Num. obs: 81957 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 8113 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2DTV 2dtv 解像度: 1.75→36.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3739265.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.7883 Å2 / ksol: 0.336658 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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